وبعد المقارنة بين الكتابين وتحليلهما نصل إلى النتائج التالية :
١ ـ المسائل الأصلية والبنائية العرفانية موجودة في الكتابين ، غير أن في الكلمات المكنونة بصورة صريحة ومبيّن بسياق الكتب العرفانيّة واصطلاحاتهم ، وذلك في قرّة العيون يتغيّر عن هذه الصبغة ـ مهما أمكن ـ إلى ما جاء في الشرع واصطلاحات الروايات ويكمل بما يراه أليق. هذه المباحث هي :
الف ـ المسائل المطروحة في مسألة الوجود ، سيما وحدة الوجود كما يعنيه العرفاء ؛ فذلك معنون في الكلمات المكنونة صريحا ، وفي قرة العيون تلميحا ، وضمن الاستشهاد بالآيات ؛ مثل ما جاء في الكلمة الاولى وصدر الكلمة الرابعة من المقالة الاولى والكلمة الثالثة من المقالة الثالثة.
ب ـ تجلي الحق في مظاهر الأسماء ، وذلك مصرح به في قرة العيون أكثر من الكلمات المكنونة أيضا ، كما يظهر من الرجوع إلى المقالة الثانية. وقال في آخر الكلمة الثالثة من المقالة الثالثة (ص ٣٥٨): «وهذا أمر عجيب ، وهو بعينه ما نحن بصدد بيانه ، من أن الحق المنزه عن نقائص الحدثان ـ بل عن كمالات الأكوان ، هو الظاهر بأسمائه في الأعيان ...».
ج ـ صدور الخلق عن الحقّ بصورة الإفاضة ، غير أنّه لم يستعمل في قرة العيون اصطلاح النفس الرحماني واكتفى بمثال الكلام والمتكلم والشمس وضوئه فقط ـ ص ٣٧٥ ، م ٥ ك ٣. وص ٣٧٨ ، م ٥ ، ك ٤.
د ـ نفي الحدوث الزماني للعالم وتوجيه الحدوث بما في الحكمة المتعالية آخذا من العرفاء ، كما يظهر من المقالة الخامسة.
ه ـ القضاء والقدر ومسألة سر القدر ، فسياق البحث فيها سياق ما عند العرفاء.
و ـ الجنة والنار والامور المذكورة من عالم الآخرة ، كالصراط والميزان وغيرها.