وقال في فهرس كتبه :

«ومنها كتاب عين اليقين في اصول [ن+ اصول] الدين ، يشتمل على خمسين مطلبا ذوات فصول في مقصدين ، أحدهما اصول العلم والآخر العلم بالسماوات والأرض وما بينهما ، ببيانات حكميّة وبراهين عقليّة وأذواق كشفيّة وشواهد فرقانيّة وتأييدات نبويّة وتشييدات ولويّة ؛ غير مجاوز عن بيان الحق وكشفه ، [ن+ إلى نقل الآراء] ، وهو كتاب مضنون به عن غير أهله ، ليس بمبتذل قريب ، ولا لأكثر الناس فيه نصيب ؛ إذ هو مخّ العلم ولبّ الحكمة ، ولباب المعرفة وعين الحقّ ؛ وزبدة نتائج الأفكار ، ليس له شبيه في جامعيّته وتماميّته مع الاختصار والوضوح ؛ وذلك من فضل الله علينا وعلى الناس ، ولكنّ أكثر الناس لا يشكرون ؛ وقد تمّ جميع مطالبه ومقاصده في أربعة عشر ألف بيت تقريبا ، في سنة ستّ وثلاثين بعد الألف».

وكتب ـ قدس‌سره ـ في خطبة كتابه عين اليقين :

«... ولما كانت الحكمة مركّبة من علم ـ هو العلم بحقائق الموجودات على ما هي عليه بقدر الطاقة البشريّة ـ وعمل ـ هو العمل بما ينبغي أن يكون الإنسان عليه ، ليكون أفضل في أحواله كلها ... ـ لا جرم افتنّ المقصود إلى فنّين ، علميّ وعمليّ ؛ وفائدة العلميّ انتقاش صورة الوجود كله على ما هو عليه بنظامه وتمامه في النفس الإنسانيّة ، لتصير عالما معقولا مضاهيا للعالم الموجود ، وجملة ما يذكر فيه ترجع إلى علم التوحيد وفروعه. وفائدة العمليّة تخلية النفس الإنسانيّة عن الرذائل وتحليتها بالفضائل ، حتى تصير مرآتا مجلوّة تشاهد فيها آيات الحق جلّ وعلا ... ثم ينقسم كلّ من القسمين إلى ما يستقلّ فيه العقل غالبا من دون توقّف على الشرع إلا في زيادة تتميم أو تبيين أو تنبيه ، وإلى ما لا يستقلّ فيه العقل ، بل يفتقر إلى استعانة من الشرع ـ

فهذه أربعة أقسام ؛