بعد ذكر النبي في نسخة عليه‌السلام وفي أخرى صلى‌الله‌عليه‌وآله أو انها ساقطة من النسخة الاخرى.

٤ ـ نسخة مكتبة الحكيم قد اسقط الناسخ منها في اغلب الموارد عنوان ( المسألة ) و ( الفرع ) عند تكررهما مراعاة للاختصار أو ( الفائدة ) فمثلا لا يكتب ( المسألة الثانية ) بل ( الثانية ) وحدها ، بينما نرى ذلك مثبتا في النسخ الأخرى وكذا قد حدث ذلك أحيانا في نسخة كاشف الغطاء ، فهذا الاختلاف لم نشر إليه أيضا.

٥ ـ ان النسخ قد حدث فيها خطأ كثير بالنسبة إلى التذكير والتأنيث لا سيما في الياء والتاء في أول الفعل المضارع ، والتنكير والتعريف ، وبعض الاخطاء الاعرابية أو الاملائية ، فهذا كله صححناه طبقا للقواعد العربية.

٦ ـ غيرت رسم بعض الكلمات التي جرت عادة المحدثين على كتابتها على غير صورتها عند القدماء ، فعلى سبيل المثال غيرت الكلمات الاتية ( ليكن ، صلوته ، شرايط ، سايغ ) إلى ( لكن ، صلاته ، شرائط ، سائغ ) وهكذا.

٧ ـ الآيات القرآنية أثبتها كما هي في المصحف ، معرضا عما يوجد من من الاختلاف في النسخ ، ثم ان بعض النسخ قد تورد الآية كاملة بينما تراها ناقصة في النسخة الأخرى ، فعندها أثبت النسخة الأكثر اشتمالا عليها.

٨ ـ اغفلت الاشارة إلى اختلاف النسخ في كيفية الترقيم فبعض النسخ يرقم كالاتي : ( الاول ، الثاني ، الثالث الخ ) وبعضها يرقم هكذا ( أ ، ب ، ج )

٩ ـ نسخة مكتبة المدرسة الفيضية لم أثبت كلما جاء فيها من اختلافات بينها وبين بقية النسخ ، بل اقتصرت على المهم من موارد الاختلاف دون اليسيرة مما لا دخل لها في المعنى ، ولا سيما موارد السقط فيها.