يطيل أيدي الأذى أكثر من قبل ، فأرسلت عليه الدولة سنة (١١٨٩) قائد البحر حسن باشا الجزائري ، وكتب إلى والي دمشق إذ ذاك محمد باشا العظم وإلى والي صيدا وإلى الجزار أحمد باشا الذي نصب محافظ السواحل الشامية وإلى متصرف القدس ، فبعث قائد البحر أولا يطلب من الظاهر ما في ذمته للدولة من الأموال الأميرية (وهي خراج سبع سنين) فلم يوافق على ذلك مستشار ظاهر العمر إبراهيم الصباغ ، وكان بيده جميع أموال ظاهر العمر ، وقال له : إن الدولة لا يرضيها شيء وأراد سيده على المقاومة ولكن استمال متسلم صيدا عسكر ظاهر العمر وقال لهم : لا يجوز مقاتلة عسكر السلطان فأبوا أن يقاتلوه. فلما علم ظاهر العمر بالأمر فرّ على وجهه لا يلوي على شيء هو وأولاده ، فضبط قائد البحر أمواله وذخائره وجيء بإبراهيم الصباغ فأخذت منه أموال ظاهر العمر ثم قتل. ويقول بعض المؤرخين : إن ما وجد من أموال ظاهر العمر اثنان وثمانون ألف كيس من النقد قال جودت: سبحان الله! بمثل هذا المال والنوال ومتسلم صيدا أحمد آغا الدكزلي يطلب عشر معشاره لإرضاء الدولة فتشح نفس إبراهيم الصباغ فيجلب البلاء على نفسه ويكون سببا لخراب بيت مولاه بيت آل زيدان.

وذكر بعض من استوفوا سيرة ظاهر العمر أنه في أواخر سنة (١١٨٩) حضر قائد البحر حسن باشا الجزائري بالأسطول لأن السلطان عبد الحميد الأول لما عقد الصلح مع الدولة الروسية سنة (١١٨٧) التفت لتنظيم الولايات فوجه قائد البحر إلى حيفا ، وذلك بعد موت أبي الذهب ورجوع العساكر المصرية بمدة قليلة ، وأن مطالب القائد كانت أموال سبع سنين متراكمة ، فادعى الظاهر أن ليس عنده مال وأنه مستعد لحرب قائد البحر لأن عنده بارودا وقذائف وثلاثة مدافع ، فأطلق قائد البحر أربعة أيام النار على عكا ، وكان عدد قنابله ٧٧٥٠ قنبلة ولم يحدث منها ضرر بل هدمت قليلا من المحلات ، وقيل بل سقطت قنبلة على مخزن البارود فاحترق ، فخرج الشيخ ظاهر بعياله فقتله أحد المغاربة في الطريق في محل يسمى الرقايق ، وكان قاتله عبدا من عبيده منذ خمس عشرة سنة فقتله القائد التركي به لخيانته سيده ، وحزوا رأسه وحمل إلى الاستانة ونهب العسكر المدينة ساعتين. وكان قائد السفينة الفرنسية التي جاءت