وجعل الأمير تيمور وزيره وقائده .. إلا أن تيمور لم يرض بأعمال الياس خواجة ونقم عليه أمورا كثيرة ذلك ما دعاه أن يميل إلى (الأمير حسين) وهو صهره تزوج تيمور بأخته ... ومن هناك تولد العداء فساق الياس خواجة جيشا عليهم فتأهبوا له وقابلوه فتمكنوا من طرد جيشه إلى خارج المملكة فذهب الياس خواجة إلى مغولستان وصار ملكا عليها إذ وجد أباه قد توفي ...
إن هذه الأعمال التي قام بها تيمور حببته من أفراد الجيش فإنه لم يدع فرصة ترغبهم فيه إلا اغتنمها ... ومن ثم صار الأمير حسين يخشى من تيمور وعزم على البطش به والقضاء عليه فلم يوفق فأخفق الأمير حسين في المعركة وغلب عليه فقتل في رمضان سنة ٧٧١ ه.
وعلى هذا انقادت لتيمور مملكة ما وراء النهر وأعلن سلطنته ولقب (بصاحب قران) إلا أنه لم يلقب نفسه بخان وإنما لقب به أحد الأمراء من أحفاد جنكيز خان ممن أتى إليه وجعله (قائدا) عنده وهكذا نال الحكومة بعد أن رأى من الأخطار الجمة ما لا يوصف فلم يبال بها وقابلها بعقل رزين وتدبير فائق ... وفي كل هذا لم يهمل استشارة ولم يضع حزما ...
ثم إنه قضى بعد إعلانه السلطنة نحو ست سنوات في حروب مع مملكة المغول وخوارزم وانتصر فيها على أعدائه .. أسس الصلح مع سلطان خوارزم وتزوج من أسرته ببنت كما أنه قضى على ثائرين كثيرين عليه فلم ينل أحد منهم مأربا ... وبينا هو في حرب وانتصار وما ماثل إذ دهمه خبر وفاة ابنه جهانكير فكان لها وقع كبير في نفسه وتأثر للمصاب الجلل وذلك عام ٧٧٧ ه فأهمل الأمور ، ولم يلتفت إلى إدارة المملكة إلا أن وزراءه كانوا لا يبرحون مجدين في تسليته ... وفي الأثناء هجم المغول على مملكته فاضطر للكفاح فكانت هذه من أكبر