يرويه المؤرخون من أنها «مدرسة مظلمة ليس عليها من بهجة المساجد ولا أنس بيوت العبادات شيء البتة» ، ويعللون ذلك بأن منشئها اغتصب مكانها من مالكيها وسخر العمال في عمارتها وحصل على مواد البناء ولوازم العمارة بطريق الغصب أو الخيانة ووقف على هذه المدرسة أوقافا وشرط في كتاب وقفه ألا يلي النظر أحد من ورثته

وأقبغا هو الأمير علاء الدين ، كان رقيقا للتاجر عبد الواحد ابن بدال اشتراه منه الناصر قلاوون ، ورفعه حظه وذكاؤه إلى مراتب الموظفين ، وتقلب في مناصب الدولة المختلفة ، إلى أن قتله الملك الصالح عماد الدين في الفتنة بينه وبين أخيه أحمد الناصر. أما المدرسة الطيبرسية فهي على يمين الداخل إلى الأزهر من بابه الغربي المذكور ، وفد أنشأها علاء الدين الطيبرس نقيب الجيوش المصرية ، وفرغ من عمارتها سنة ٧٠٩ ه‍ وجعل له بها مدفنا دفن به ، وقد عرف بالصلاح والتقوى ، فاتفق أنه لما فرغ من بناء هذه المدرسة أحضروا له حساب مصروفها فاستدعى بطست فيه ماء وغسل أوراق الحساب بأسرها من غير أن يقف على شيء عنها ، وقال : «شيء خرجنا عنه لله لا نحاسب عليه».

وقد شغلت المكتبة أولا المدرسة الاقبغاوية ، لاتساعها واستقلالها بعض الاستقلال ، ولما ضاقت بالكتب ضمت إليها المدرسة الطيبرسية. ويقول الشيخ عبد الكريم سلمان : «ولما جاءت للمجلس فكرة جمع هذه الكتب في مكان واحد وإصلاح ما أفسدته منها هذه الأيدي وتسهيل الانتفاع بها اختار المكان المعروف في الأزهر برواق (الابتغاوية) وكتب لديوان الأوقاف سنة ١٣١٤ فأرسل من أخذ المقايسة لاصلاحه وإنشاء ما يلزم له من الخزائن التي توضع فيها الكتب ، ثم عرض الأمر على ولي الأمر فأقره مستحسنا له ، وخرج هذا العمل من القوة إلى الفعل وتهيأ المكان لما وجد له من وضع الكتب وحفظها فيه ومن الانتفاع بها تحت ضوابط ونظامات ، وشرع عمالها في إنقاذ ما عهد إليهم من أول مايو سنة ١٨٩٧ الموافق شعبان سنة ١٣١٤ ، ويقول : واشتريت كتبا كثيرة من كثير من التركات حتى