ضاق بها المكان على سعته ، فاضطر المجلس إلى أخذ مكان آخر من الأزهر أصلحه ديوان الأوقاف وعمل فيه ما عمل في الأول ، وامتلأت خزائنه أيضا بمعتبرات الكتب ونفائسها مما يتجدد شراؤه كل عام.

وبالمدرسة الاقبغاوية الآن المكتبة العامة بجميع فنونها ، وبقبتها الخارجية ، ودهليزها مكتب الأمين وإدارة المكتبة ، وبالمدرسة الطيبرسية طائفة من كتب الفنون التي تدور حولها الدراسات الأزهرية ، كالتفسير ، والحديث ، والفقه المالكي ، والحنفي ، والشافعي ، والحنبلي ، والبلاغة ، والنحو ، والصرف .. وبالمبنى الجديد مكتبتا الشيخين المغفور لهما الشيخ الامبابي والشيخ بخيت ، والأمكنة المشار إليها لم يلاحظ في إنشائها أن تكون مكتبة ، لهذا فهي غير وافية بالغرض الذي تؤديه ، وتفقد كثيرا من الأمور التي يجب توافرها في أبنية المكتبات ، ويكفي للتدليل على ذلك أن المكتبة تفقد أهم خواص المكتبات ، وهي قاعة المطالعة ومكان الإدارة ، وليس لها مرافق خاصة بها ، وينقصها الأحكام في الأبواب والنوافذ لمنع تسرب الأتربة والحشرات.

وكان عدد الكتب التي ابتدأت بها المكتبة سنة ١٨٩٧ ـ ٧٧٠٣ كتب منها : ٦٦١٧ كتابا بطريق الاهداء ، و ١٠٨٦ بطريق الشراء وعدد فنونها ٢٧ فنا وهي : المصاحف. القراءات ، التفسير ، الحديث ، الأصول ، النحو ، الصرف ، البلاغة ، فقه أبي حنيفة. فقه مالك ، فقه الشافعي ، فقه أحمد بن حنبل ، المجاميع ، التوحيد ، المنطق ، التاريخ ، التصوف ، الأدب والمديح ، الآداب والمواعظ والفضائل ، الأحزاب والأوراد والأدعية ، الوضع وآداب البحث والعروض ، الفلك والميقات ، مصطلح الحديث ، الفنون المنوعة ، الحساب والهندسة ، اللغة ، الطب ، وقد بلغت فنون المكتبة سنة ١٩٤٣ ـ ٥٨ فنا وبلغ عدد مجلداتها ٩٠٠٧٥ مجلدا.

وبالمكتبة الأزهرية مكتبات خاصة حملت الغيرة الدينية أصحابها أو ورثتهم على إهدائها للمكتبة الأزهرية ليكون نفعها وقفا على العلماء وطلبة العلم بالأزهر ابتغاء مغفرة الله ورضوانه ، ويذكر لأصحابها هذا العمل بالثناء