ومن أعلام الفكر في الأزهر في العصر الفاطمي : المسبحي الكاتب والمؤرخ المشهور (٣٦٦ ـ ٤٢٠ ه‍) ، وقد أخذ بقسط كبير من ثقافات عصره وعلومه.

ومن كتبه : أخبار مصر ، وكتب أخرى مفقودة. وقد نشأ وتعلم في الأزهر وأفاد من علمائه.

ومنهم كذلك أبو عبد الله القضاعي (٣٩٠ ـ ٤٥٤ ه‍) الذي كان من أقطاب العلماء ، وتولى منصب القضاء وغيره من مهام الدولة في عهد المستنصر وأوفده الخليفة سفيرا إلى قيصرة القسطنطينية عام ٤٤٧ ه‍ / ١٠٥٥ م للمفاوضة في عقد صلح بينهما. وله كتاب مفقود في تاريخ مصر بعنوان «المختار في ذكر الخطط والآثار». ومنهم الحافظ السلفي (٤٧٠ ـ ٥٧٦ ه‍).

وفي العصر الأيوبي عطلت صلاة الجمعة في الأزهر نحو مائة عام ، ولكن حلقات الدراسة بقيت مستمرة فيه ، وألغى درس الفقه الاسماعيلي ، ودرس فقه أهل السنة والمذاهب الفقهية الأخرى. وقام في حلقاته في هذا العصر وما بعده الآلاف من كبار الفقهاء والمفتين ، ونذكر منهم :

ـ شيخ الإسلام الحافظ المنذري (٥٨١ ـ ٦٦٠ ه‍).

شيخ الإسلام عز الدين عبد السلام (٥٧٧ ـ ٦٦٠ ه‍).

ـ قطب الدين القسطلاني (٦١٤ ـ ٦٦٦ ه‍).

شيخ الإسلام ابن دقيق العيد (٦٢٥ ـ ٧٠٢ ه‍).

ـ الإمام الزيلعى ٧٤٣ ه‍.

ـ الإمام تقي الدين بن السبكي (٦٨٣ ـ ٧٥٦ ه‍).

ـ الإمام البلقيني (٧٢٤ ـ ٨٠٥ ه‍) مجدد المائة الثامنة.