٣ ـ تلاوته للقرآن: وكان عليه‌السلام أحفظهم لكتاب الله وأحسنهم صوتاً بالقرآن وإذا قرأ يحزن ويبكي ويبكي السامعون لتلاوته، وكانت قراءته حزناً فاذا قرأ فكأنّه يخاطب إنساناً.

٤ ـ استغفاره وأدعيته: كان عليه‌السلام يستغفر في كل يوم خمسة آلاف مرّة والناس يسمونه زين المجتهدين. روى الشيخ الصدوق رحمه‌الله عن ما جيلويه عن علي بن ابراهيم عن أبيه انّه قال: سمعت رجلاً من أصحابنا يقول: لما حبس الرشيد موسى بن جعفر عليه‌السلام جنّ عليه الليل فخاف ناحية هارون أن يقتله فجدّد موسى عليه‌السلام طهوره واستقبل بوجهه القبله وصلّى الله عزَّ وجل أربع ركعات ثم دعا بهذه الدعوات فقال: «يا سيّدي نجّني من حبس هارون وخلّصني من يده، يا مخلّص الشجر من بين رملٍ وطين، يا مخلص اللبن من بين فرث ودم، ويا مخلص الولد من بين مشيمة ورحم، ويا مخلّص النار من بين الحديد والحجر، ويا مخلّص الروح من بين الأحشاء والأمعاء، خلّصني من يدي هارون». قال: فلمّا دعا موسى عليه‌السلام بهذه الدعوات أتى هارون رجل أسود في منامه وبيده سيف قد سلّه، فوقف على رأس هارون وهو يقول: يا هارون أطلق عن موسى بن جعفر وإلّا ضربت علاوتك بسيفي هذا، فخاف هارون من هيبته ثم دعا الحاجب فجاء الحاجب، فقال له: إذهب إلى السجن فأطلق عن موسى بن جعفر. قال: فخرج الحاجب فقرع باب السجن فأجابه صاحب السجن، فقال: من ذا؟ قال: إنّ الخليفة يدعو موسى بن جعفر فأخرجه من سجنك وأطلق عنه، فصاح السجّان: يا موسى أن الخليفة يدعوك، فقام الموسى عليه‌السلام وهو يقول لا يدعوني في جوف الليل إلّا لشرّ يريد بي، فقام باكياً حزيناً مغموماً آيساً من حياته فجاء إلى هارون... فقال: سلام على هارون، فردّ عليه‌السلام ثم قال له هارون: ناشدتك بالله هل دعوتَ في جوف هذه الليلة بدعوات؟ فقال نعم، قال وما هنّ؟ فقال: جدّدت طهوراً وصلّيت لله عزّ وجلّ أربع ركعات ورفعت طرفي إلى السماء وقلت يا سيّدي «خلصني من يد هارون وشرّه» وذكر له من دعائه، فقال هارون: قد استجاب الله دعوتك يا حاجب أطلق عن هذا، ثم دعا بخلع فخلع عليه