الغرق ببغداد ـ مع الوالي الأمير إسماعيل فكان أمير البلد إلا أنه رأى استبدادا من الأمير إسماعيل فاغتاله وأعلن ولايته على بغداد وبعد وفاة السلطان أويس استمر في ولايته ... ولما قتل الأمير إسماعيل بل بعد ذلك بمدة سار السلطان حسين من تبريز إلى بغداد فانهزم الشيخ علي ثم عاد بالوجه المار ... ولما تسلطن السلطان أحمد مال الأمراء المخالفون إليه وشوقوا الشيخ عليا لمقارعة أخيه فكانت النتيجة أن قتل في المعركة ... فكانت مدة حكمه ببغداد تقرب من عشر سنوات وترك ابنا اسمه شاه ولد.
جامع سيد سلطان علي :
مر بنا من الحوادث ما يبصر بقتلة الشيخ علي والكتب التاريخية لم تذكر أعماله التي قام بها ببغداد ومآثره فيها ولا يعلم بالتحقيق تاريخ بناء هذا الجامع إلا أنه يصادف العصر الذي بني فيه جامع مرجان والنظر إلى مأذنة كل منهما تجعلنا نقطع بأن البناء متقارب في الزمان إن لم يكن مماثلا ... ومأذنة جامع النعماني المذكور لا تختلف عنهما. على كل هذا الجامع من بناء هذه الحكومة والظاهر أنه بني لمناسبة وفاة وقد ضاعت عنا الأخبار الخاصة ولم يدون إلا ما يتعلق بالحروب والسياسة العامة وقد ذكر الأستاذ المرحوم الحاج علي علاء الدين الآلوسي في تعليقة له على كتاب كلشن خلفا عند ذكر قتلة الشيخ علي ما نصه :
«والظاهر أن شيخ علي هذا هو المنسوب إليه جامع السيد سلطان علي فإنه ولي بغداد وتوفي فيها وموضع الجامع في مرافق دار الخلافة العباسية وهو الأنسب بالسلاطين وأما ما يقال من أنه الرفاعي فذلك من الموضوعات» ا ه (١).
__________________
(١) حاشية كلشن خلفا ص ٥٠.