عنده كتاب الموطأ للإمام مالك ، فحبس وجلد في سنة ٣٨١ ه‍ في عهد العزيز بالله. وفي أواخر الدولة الفاطمية كادت تكون الدراسة في الأزهر حرة ، ولكن لم يعرف بالضبط أسماء الكتب التي كانت تدرس في ذلك العصر.

وممن تولى التدريس بالأزهر ، في العصر الفاطمي ، الأساتذة بنو النعمان قضاة مصر ، فكان القاضي أبو الحسن علي بن النعمان أول من درس بالأزهر ، وتوفي سنة ٣٧٤ ه‍ ، ودرس بالأزهر أخوه القاضي محمد بن النعمان وتوفي سنة ٣٨٩ ه‍ ، ثم ولده الحسن بن النعمان قاضي الحاكم بامر الله ، والمؤرخ الحسن بن زولاق المتوفى سنة ٣٧٨ ه‍ والمسبحي المتوفى سنة ٤٢٠ ه‍ وكان من أعلام التفكير والأدب والفلك والتاريخ ، وأبو عبد الله القضاعي ، وهو محمد بن سلامة بن جعفر المتوفى سنة ٤٥٤ ه‍ والحوفي النحوي ، وهو أبو الحسن علي بن إبراهيم بن سعيد المتوفى سنة ٤٣٠ ه‍ وأبو العباس أحمد بن هاشم المصري المتوفى سنة ٤٥٤ ه‍ ، وابن بابشاذ النحوي ، وهو أبو الحسن طاهر بن أحمد المصري المعروف بابن بابشاذ المتوفى سنة ٤٦٩ ه‍ وأبو عبد الله محمد بن بركات النحوي تلميذ القضاعي المتوفى سنة ٥٣٠ ه‍.

ولا شك أنه قد اشتهر من أولئك الأئمة من صنف الكتب الكبيرة ، والمراجع العظيمة في العلوم الدينية والعربية ، التي كانت تدرس في الأزهر ، كالعلامة أبي الحسن علي بن إبراهيم الحوفي إمام العربية والنحو وصاحب كتاب إعراب القرآن ، وابن بابشاذ النحوي صاحب كتاب المقدمة وشرح الجمل ، وابن القطاع اللغوي صاحب كتاب الأفعال ، وأبي محمد عبد الله بن بري المصري إمام اللغة في عصره ، وغيرهم ممن انتهت اليهم الرياسة في هذا العصر ، واعتبرت مصنفاتهم متونا ومراجع.

وفي أواخر القرن السادس أي بعد ذهاب الدولة الفاطمية ، وقيام الدولة الأيوبية نرى الأزهر جامعة حرة تدرس فيها العلوم العقلية أو العلوم