بالقشور ونال العالمية سنة ١٣٣٢ ه‍ رغم أنه كان مريضا أثناء الإمتحان.

ولما طلبت حكومة السودان من الشيخ محمد عبده اختيار قضاة السودان رشح المراغي سنة ١٩٠٤ م فتولى قضاء الخرطوم ولم تنقطع صلته بأستاذه الذي لم ينسه حتى الممات وأكرم أرملته وهو شيخ للأزهر وفاء للإمام محمد عبده.

وفي سنة ١٩٠٧ اختلف وقاضي القضاة في وجهة نظر فقدم استقالته وعاد إلى مصر ثم عين في نفس العام مفتشا للدروس الدينية بديوان عموم الأوقاف (وزارة الأوقاف) وواصل التدريس بالأزهر.

ثم صدر أمر من الخديوي بتعيينه قاضيا لقضاة السودان سنة ١٩٠٨ ولما أرادت حكومة السودان تعديل لائحة المحاكم الشرعية تمسك بأن من سلطته أن يختار للقضاة الآراء الفقهية التي يحكمون بها وأبى السكرتير القضائي فاحتكما للحاكم فنصره على السكرتير القضائي.

ثم قامت ثورة ١٩١٩ وامتدت آثارها إلى السودان وحاول الانجليز قمعها في مصر بأساليب وحشية فأصدر الإمام المراغي نشرة ثائرة عنوانها (اكتتاب لمنكوبي الثورة بمصر) ووصف المآسي التي لحقت بمصر واستجاب السودانيون للنداء ولم يستطع الحاكم السوداني إيقاف هذه الثورة.

وكان معتزا بكرامته وحدث أن مر (جورج الخامس) بالسودان وطلب من الموظفين أن يكونوا بانتظاره على ألا يصعد إلى الباخرة إلا الحاكم العام وأصر المراغي أن يصعد إلى الباخرة قبل الحاكم العام وإلا فلن يستقبله وتم له ما أراد.

وحدث أن الخديوي عباس الثاني ذهب للصلاة في المسجد فرأى الإمام أعمى فغضب وسأل الشيخ المراغي فقال (إن الإسلام لا يفرق ما بين البصير والأعمى) وكان الشيخ الأعمى هو (الشيخ يوسف الدجوي) فاعتبرها الخديوي إهانة.