المؤتمر انتزع الشيخ الظواهري قرارا أعلن فيه (وحدة مصر والسودان) ولما علم عبد الخالق ثروت بذلك قال (لم أكن أعلم أن الأزهر يخرج سفراء في السياسة).

وتولى مشيخة الأزهر سنة ١٩٢٩ م وسار على منهجه الذي أوضحه في كتابه (العلم والعلماء) وكان متأثرا بفلسفة الشيخ محمد عبده والإمام المراغي في السير نحو الإصلاح الديني وخطا خطوة عظيمة في اصدار القانون سنة ١٩٣٠ م وبمقتضاه.

ـ انشاء كلية الشريعة لتخريج علماء يتولون الافتاء والقضاء الشرعي.

ـ إنشاء كلية لأصول الدين لتخريج مدرسي الدين في الأزهر والمعاهد الدينية وكلية اللغة العربية لتخريج مدرسين للغة العربية.

ـ كما اهتم بالدراسات العليا فأنشأ (تخصص الدعوة والإرشاد) (تخصص المادة للتدريس).

ـ وأصدر (مجلة الأزهر) التي كانت تعرف قديما (بنور الإسلام) لتعبر عن الأزهر وتنشر الثقافة الدينية (وهي الآن تصدر بالعربية والانجليزية).

ـ وكان رحمه الله متواضعا .. لما ناداه العلماء (بالإمام الأكبر) قال (ما أنا إلا واحد من المشايخ) وقرأ (إن أكرمكم عند الله أتقاكم).

ومن مؤلفاته :

١ ـ العلم والعلماء (سبقت الإشارة إليه).

٢ ـ رسالة الأخلاق الكبرى.

٣ ـ خواص المعقولات في أول المنطق وسائر العقليات.

٥ ـ الوصايا والآداب.

٦ ـ صفوة الأساليب.

٧ ـ حكم الحكماء.

٨ ـ براءة الإسلام من أوهام العوام.