وأعجب الابن بالشيخ محمد عبده ولكنه لم يتخل عن تقاليد الأسرة الصوفية واحترام الأولياء وقرأ كتاب (حكم ابن عطاء الله السكندري) وتأثر بهذه الحكم فزكت نفسه.

وكانت لجنة الإمتحان لنيل العالمية على رأسها (الشيخ محمد عبده) فأعجب بعلمه وهنأه وأوصاه بعدة وصايا ليظل على تفوقه.

ولما تم إنشاء المعهد الأحمدي حشد له خيرة العلماء فاختير الشيخ الظواهري فلفت الأنظار واتسعت حلقته وكان إلى جانب التدريس يباشر معهم الصوفية على نهج (الطريقة الشاذلية).

ولما ألف كتاب (العلم والعلماء) ودعا فيه للإصلاح وجد معارضته من (الشيخ الشربيني) الذي أوصى بحرقه (كما سبق وأن أشرنا).

ثم عين شيخا للمعهد الأحمدي سنة ١٩١٤ م وأنشأ عدة جمعيات للنهوض بالدعوة والخطابة واللغة والرحلات وأصدر مجلة (مجلة معهد طنطا) وألف لجنة لمراقبة سلوك الطلاب خارج المعهد ولجنة للفت أنظار الزائرين إلى البعد عن البدع والتمسح بالضريح ، ونظم مكتبة الجامع الأحمدي وحشد فيها عيون الكتب وكان صديقا (للسلطان حسين) فلما تولى الحكم عينه عضوا بالمجلس الأعلى للأزهر.

ـ ثم شكلت لجان للنظر في أمر الخلافة الإسلامية ودعى إلى مؤتمر بالقاهرة وارتابت الدول الإسلامية وظنت أن مصر تريد أن تكون لها الخلافة وعقد المؤتمر سنة ١٩٢٦ ولكنه انفض دون أن يؤدي لشىء.

ـ وفي سنة ١٩٢٥ م تجددت الدعوة للنهوض بالأزهر وكان له دور بارز.

ـ وفي سنة ١٩٢٦ رأس وفد مصر لزيارة السعودية وحضور المؤتمر الإسلامي الذي دعا إليه الملك عبد العزيز ، واستطاع الشيخ الظواهري في هذا المؤتمر أن يوفق بين أعضاء الوفود فيما يتعلق بحرية المذاهب وفي هذا