وقد توفي رحمه الله يوم الثلاثاء ٢٨ صفر ١٣٧١ ه‍ ـ ٢٠ نوفمبر ١٩٥١ ، وشيعت جنازته في اليوم التالي في موكب رهيب إلى الأزهر الشريف. ونعته الأهرام إلى العالم الاسلامي ، فقالت :

ننعي إلى العالم الإسلامي أجمع ، فقيد الشرق والإسلام صاحب الفضيلة العالم الجليل الشيخ محمود أبو العيون السكرتير العام للجامع الأزهر ، فقد فدحت الفجيعة بوفاته ليلة أمس إثر حادث أليم ، ففقدت مصر والشرق بفقده عالما من خيرة العلماء العاملين ، ومجاهدا من صفوة المجاهدين المخلصين ، ومصلحا سلكته جهوده الإصلاحية التامة في الخالدين.

لقد درج الفقيد العظيم في حجر الأزهر يافعا يتلقى العلم عن شيوخه الاجلاء ، ويقف في الطليعة من طلابه النجباء ، حتى نال شهادة العالمية في عام ١٣٢٦ هجرية (١٩٠٨ ميلادية) واختير عقب ذلك مدرسا في الأزهر حتى رؤى الانتفاع بكفايته في التوجيه العلمي ، فأسندت اليه مهمة التفتيش في سنة ١٩٢٥ ثم ندب شيخا لمعهد أسيوط سنة ١٩٣٥ وعين بعد ذلك شيخا لمعهد الزقازيق فشيخا لمعهد الاسكندرية ، وقد ظل في هذا المعهد حتى اختير سكرتيرا عاما للجامع الأزهر والمعاهد الدينية.

ومع حرص الفقيد طيب الله ثراه على أن يخص العلم وأهله بالنصيب الأفى من وقته وجهده ، فقد استخلص جانبا من الوقت والجهد لما عمر به قلبه الكبير من رغبة قوية في الاصلاح الاجتماعي ، فكانت له جولاته