بالعلماء العاملين الذين يجمعون إلى التفقه في العقيدة والشريعة ولغة القرآن ، كفاية علمية وعملية ومهنية تؤهلهم للمشاركة في كل أنواع النشاط والإنتاج والريادة والقدوة الطبية والدعوة إلى سبيل الله بالحكمة والموعظة الحسنة ، كما تعني بتوثيق الروابط الثقافية والعلمية مع الجامعات والهيئات العلمية والإسلامية والعربية والأجنبية. وقد نص القانون في المادة ٣٤ على الكليات التي تشملها جامعة الأزهر وهي :

كليات الدراسات الإسلامية ، وكلية الدراسات العربية ، وكلية المعاملات والإدارة. وكلية الهندسة والصناعات ، وكلية الزراعة ، وكلية الطب ، مع النص على جواز إنشاء كليات أخرى كلما دعت الحاجة ، وطبيعي أن هذه الكليات كلها أو بعضها لا يمكن أن تكون صورة مكررة للكليات القائمة الآن في الأزهر أو في الجامعات الأخرى ، إذ لا بد أن تتحقق لها مع صفتها العامة صفة تلائم الصفة الخاصة بجامعة الأزهر ، بحيث يكون فيها إلى جانب الدراسات الفنية الخاصة ، دراسات إسلامية ودينية تتحقق بها للطالب ثقافة دينية عميقة وواعية إلى جانب الثقافة المهنية التي يحصلها نظراؤه في الكليات المماثلة في الجامعات الأخرى ، وبحيث تتاح لخريجيها بعد الحصول على درجة الإجازة العالية (الليسانس أو البكالوريوس) من أية كلية من كلياتها دراسة عليا في مادة التخصص أو في مادة من مواد الدراسات الإسلامية والعربية العالية للحصول بها على درجة التخصص أو العالمية (الماجستير أو الدكتوراه) في مادة الدراسة ، وليس مثل هذا النظام مستحدثا في تاريخ الأزهر والجامعات الإسلامية ، فإن أعظم علماء الطب والكيمياء والرياضة في الماضي كانوا علماء في الدين ، منهم أبن سينا والفارابي وابن الهيثم وجابر بن حيان وآخرون ...

ولا بد أن يكون لكل كلية من هذه الكليات أقسام مختلفة تختص بها أو تشترك فيها مع غيرها من الكليات لتنويع الدراسات وتنويع الخريجين إلى أكثر مما يدل عليه عدد هذه الكليات.