وقد غطى السلطان جاقمق المصرى القبة المذكورة بالرصاص فى سنة (٨٤٣ ه‍) ولما احتاجت بعض أماكنها للتعمير بفعل مرور الزمن عمرها السلطان الأشرف الغورى ، وزينها بالذهب فى سنة (٩١٥ ه‍) وبعد مرور ثلاث سنوات وفى سنة (٩١٨ ه‍) غطى القبة بالرصاص.

وإن كان صندوق المقام الشريف والشبكة الحديدية التى فوقه قد صنعت فى شكل رصين كما ذكر من قبل وعمرت عدة مرات ، إلى أن أخذ بعض أجزائها فى البلى وزال طلاؤها وسقطت بعض أخشابها ، وصعب حفظ ذلك المقام فأقيمت المبانى بناء على الطلب والاستئذان من السلطان سليمان بن السلطان سليم فى سنة (٩٤٧ ه‍).

وصنعت فى شكل محكم وهيئة متينة. وشبكة القفص المصنوعة من الحديد غيرت بشبكة نحاسية ، وأخذت الأبنية التى صنعها السلطان المذكور يصيبها البلى بالتدريج ، وأشرفت على السقوط والخراب ، وعرض الأمر على السلطان مراد الرابع طاب ثراه فبادر إلى تجديدها وتزيينها فى سنة (١٠٤٥ ه‍) وبعد سبعين سنة من ذلك ساءت حالة الصفة التى تحمل الحجر الذى عليه آثار قدم إبراهيم ـ عليه السلام ـ فكتب حامل مفتاح الكعبة المعظمة الشيخ محمد الشيبى تقريرا إلى ولاية مكة ، وأبلغت الولاية الأمر متضمنا التقرير السابق إلى الباب العالى. فبادر الباب العالى بتجديد تلك الصفة وجدرانها والصندوق الخشبى للمقام المذكور ، والأماكن الأخرى التى تحتاج إلى التجديد وذلك فى سنة (١١٦٥ ه‍).

وأكد الشيخ محمد الشيبى فى تقريره لزوم تجديد الغطاء الفضى الذى يزين الصندوق الفضى وكسوة الصندوق الذى يحتوى على حجر المقام. وبناء على ما يقتضى عمله فى مكة فلقد أرسل السلطان مصطفى خان الثانى بن المرحوم محمد خان الرابع بالأمر السلطانى الذى تفتقت به قريحته ، والذى تجب طاعته إلى إبراهيم أفندى مدير التعمير فى مكة المكرمة ، وبناء على هذا الأمر السلطانى عاين إبراهيم أفندى مع شريف مكة وقاضيها والآخرين ومن يجب وجودهم المقام