الأول سنة ٨٨٦ ه‍ ، وحيثما نزلوا فى الطريق أو قضوا ليلهم وجدوا كثيرا من الموظفين المكلفين بحمل الأدوات اللازمة للبناء كما أرسل موظفون لإحصاء المكلفين بقطع الخشب اللازم من حوالى المدينة المنورة والأخشاب التى وردت من المدينة المنورة ونواحيها ولوازم البناء قد تحولت إلى جبال راسيات وامتلأ الطريق البحرى والبرى بالأشياء اللازمة لتعمير الأماكن المقدسة ، ورأوا أن أهالى كل بلدة وضيعهم أو شريفهم مشغولين بنقل مهمات البناء.

وبمجرد أن وصل شمس بن زمن إلى دار العز المدينة المنورة شرع فى هدم الجهة القبلية للمسجد ابتداء من المئذنة الرئيسية إلى باب السلام وهدم الجهة الشرقية إلى باب جبريل وأخرج الجهة الشرقية إلى خارج ما يقرب من ذراع ونصف ذراع ووسع محراب عثمان الشريف وجعله فى صورة جميلة وطبيعية وجدده ، ورفع عليه قبة جميلة وقصر من طول الأعمدة ووضع عليها عقودا من اللبن ورفع هذه العقود بالأخشاب وصنع عليها سقوفا كاملة منتظمة ، وصنعوا قبابا عالية متينة على الأساطين التى بجانب محراب عثمان والأساطين التى تحيط بحجرة السعادة وغيروا الأعمدة التى فى مقصورة الحجرة المعطرة فى شكل جميل.

ولما كانت القبة التى أقيمت فوق حجرة السعادة أعلى من القباب الأخرى وضع مهندسو التعمير عقودا محكمة فوق الأساطين التى على جوانب الجدار الشرقى الأربعة والشمالى حول هذه القبة وبنوا فوق تلك العقود أربعة أعداد من القباب المتينة وفتحوا منافذ بين المئذنة الرئيسية والعقود سالفة الذكر لتيار الهواء ، عند ما كانت تمد عقود القباب الجديدة أضيف للجهة الشامية لمثلث حجرة السعادة عمود وعندما كان يحفر أساس هذا العمود ظهرت علامة قبر ، ولما حكم أمين البناء شمس بن زمن أن هذا القبر قبر حضرة (فاطمة) رضى الله عنها فجعل ذلك القبر داخل علامة خاصة ، وبعد وضع هذه العلامة أخذ زوار الرسول صلى الله عليه وسلم يزورون هذا المكان أيضا.