النهار سنة ١٢٣٠ وتوفّي رضوان الله عليه في الساعة الأولى من ليلة الأربعاء الرابع والعشرين من شهر شعبان سنة ١٣١٢ بسامرّاء وحمل جثمانه الشريف على الأكتاف إلى النجف الأشرف ودفن في المقبرة التي أنشأها ناصر علي خان الأفغاني المقيم في لاهور وهي معروفة اليوم بمقبرة الشيرازي على يمين الخارج من الباب الشمالي للصحن الشريف المعروف بباب الطوسي ، وقبره حتّى اليوم مزار مشهور ، وعلى قبره صندوق خشبي وشبّاك من الفولاذ الأصفر.

وقد ألّفوا في مآثره كتبا ورسائل شريفة أوفاها ما ألّفه العلّامة الخبير الأستاذ الشيخ آقا بزرك الطهراني دام وجوده صاحب كتاب الذريعة سمّاه هدية الرازي في حياة المجدّد الشيرازي ، وذكره أيضا تلميذه العلّامة الكبير الحجّة السيّد حسن الصدر في تكملة أمل الآمل ، والمحدّث القمّي في حرف الميم من كتاب الكنى والألقاب ، ونحن نذكر خلاصة ما ذكروه ونشير إلى مواضع النقل.

قال شيخنا العلّامة في هدية الرازي ما ملخّصه : الآية العظمى والحجّة الكبرى السيّد السند الإمام العلّامة أستاذ نقباء البشر ، المهاجر إلى دار ولادة الإمام الثاني عشر ، والمجدّد للدين والملّة في رأس القرن الثالث عشر ، ومربّي الفقهاء للقرن الرابع عشر ، حامي بيضة الإسلام ، حافظ شرع سيّد الأنام ، المطيع لأوامره الأمراء والملوك ، والمنقاد إليه العظماء والسلاطين ، السيّد المسدّد أبو محمّد ميرزا محمّد حسن ابن السيّد فخر السادة وبحر السعادة الميرزا محمود ، بن السيّد الجليل الميرزا إسماعيل ، ابن فتح الله بن السيّد العابد بن السيّد لطف الله بن محمّد مؤمن الحسينيّ النسب ، الشيرازيّ المولد ، الغرويّ المنشأ ، العسكريّ المسكن ، النجفيّ المدفن ، طيّب الله تربته ورمسه ، وقدس‌سره ونفسه ، وبرّد الله مضجعه وثراه ، وأعلى في الخلد مقامه ومثواه.

وقال السيّد العلّامة الحجّة السيّد حسن الصدر الكاظمي في تكملة أمل الآمل :