مذهبه :
من المعروف أن أبا إسحاق قد جمع في مذهبه في أصول الدين وفروعه بين الأشعرية والشافعية. فكان على مذهب أبي الحسن الأشعري عقيدة ، وعلى مذهب الشافعي فروعا ، وكانت قدمه ثابتة في تاريخ المذهبين ، فكان مرجعا في مسائل الخلاف سواء في قضايا الأصول أو في قضايا الفروع ، ويتضح من الكتاب الذي بين أيدينا تمسكه الشديد بالمذهب الأشعري ودفاعه عنه وانتصاره لرأي أبي الحسن في قضايا الخلاف بينه وبين القدرية.
وقد وقع في عصره خلاف بين الحنابلة والقشيري وهو خلاف مشهور بين المذهبين في قضايا أصول الدين ، وشكا الحنابلة من الفيروزآبادي لأنه كان ينتصر لمذهب الأشاعرة وللقشيري ضد الحنابلة ، وبلغ ذلك نظام الملك حيث قيل له إن أبا إسحاق يريد إبطال مذهب الحنابلة ، فأرسل إليه نظام الملك في ذلك حتى يكف عن النيل من الحنابلة فكتب إليه أبو إسحاق يشكو من عنف الحنابلة ويذكر له سبهم له وأن الحنابلة يثيرون الفتن بين المسلمين ويسأله المعونة على الحنابلة ، فكان جواب نظام الملك يحمل الإنكار الشديد والتعنيف لخصوم القشيري من الحنابلة وكان ذلك سنة ٤٦٩ ه وهدأت الأحوال بعد ذلك.
ثم تكلم بعض الحنابلة فنال من الشيخ أبي إسحاق فجمع الخليفة بينه وبين الحنابلة وأصلح ما كان بينهم من خصومات بعد أن كانت الفتنة قد بلغت في ذلك حدا كبيرا قتل فيها نحو عشرين قتيلا.
وينقل بعض المؤرخين لما وقع الصلح ، وسكن الأمر ، أخذ الحنابلة يشيعون أن الشيخ أبا إسحاق تبرّا من مذهب الأشعري فغضب الشيخ لذلك غضبا لم يصل أحد إلى تسكينه ، وكاتب نظام الملك ، فقالت الحنابلة : إنه كتب يسأله في إبطال مذهبهم ، ولم يكن الأمر على هذه الصورة ، وإنما كتب يشكو أهل الفتن ، فعاد جواب نظام