العابدين (ع) لا ينثني عن الصلاة وهو يسمع اضطراب ابنه محمد في قعر البئر ، فلما لم ينفتل عن الصلاة قالت جزعا ما اقسى قلبك؛ فاقبل (ع) على صلاته ولم ينثن عنها الا بعد اتمامه ثم اقبل الى البئر ومد يده (ع) الى قعرها وكان لا يصل إليه الا حبل طويل ، فاخرج محمدا على يده يناغي ويضحك لم يبتل ثوبه بالماء ، فضحكت أمّ محمد لسلامة ابنها وبكت لما قالته لزين العابدين (ع) ، فقال لا تثريب عليك لو علمت اني بين يدي جبار لو ملت بوجهي لمال بوجهه عني لما بدرت منك تلك الكلمة.
وقبض عليه السلام في سنة خمس وتسعين من الهجرة وسنه تسع وخمسون سنة ، وروي سبع وخمسون سنة ، ودفن في البقيع في قبر ابي محمد الحسن بن علي (ع).
وروي ان ناقته خرجت الى البقيع فضربت بجرانها الارض ، ولم تزل دموعها تجري من عينيها ، فبعث ابو جعفر الباقر (ع) بمن ردها الى موضعها ، فعادت الى البقيع واقيمت فلم تقم حتى ماتت ، فامر ابو جعفر فحفر لها بالقرب ودفنت.
(امامة الباقر محمد عليه السلام)
ولما صارت الامامة بعده لابنه الباقر ابي جعفر محمد بن علي (ع) قام بامر اللّه سبحانه واتبعه المؤمنون.