ورودي بأيّام توجّه إلى سامرّاء ودخلها في أوخر شعبان سنة ١٢٩١ ولا يعلم الناس منه إلّا الذهاب للزيارة وإذا به قد أقام هناك حتّى حلّ شعبان من السنة الثانية ، وجئت من النجف الأشرف وصمت في بلد الكاظميّين عليهما‌السلام.

فلمّا انقضى شهر الصيام خرجت إلى سامرّاء وقد جاء بعض تلامذته من النجف لاستعلام حال سيّدنا الأستاذ فرأيته يدرّس درسين في النهار والليل ومعه جماعة من أصحابه ، فبقيت هناك وصرت أحضر درسه وهو لا يظهر العزم على المكث هناك ، ولا يذكر الرجوع إلى النجف حتّى جاء المرحوم الآخوند ملّا فتح علي قدس‌سره ، وثقة الإسلام الميرزا حسين النوري والمرحوم الشيخ فضل الله النوري الشهيد وكان في مقدّمتهم لاستعلام الحال أيضا ، فتكلّموا معه ، فقال : أمّا الذي في نفسي فهو أن لا أعود إلى النجف حتّى أزور المشهد الرضوي. فقالوا له : لا بدّ من تعيين الأمر ؛ فإن كان عزمك على البقاء هنا فإنّا معك وإن لم يكن عزمك على البقاء فلنا حينئذ تكليف آخر ، فقرّر على أن يستخير الله في الحرم المطهّر على الإقامة في سامرّاء أو الرجوع إلى النجف ، فلم تساعد الاستخارة إلّا على الإقامة بسامرّاء على كلّ حال ، فعزم على البقاء ، فأرسل على حمل أثاث بيته من النجف الأشرف ، ولمّا علم الناس أنّه عزم على البقاء انتقلت صفوة تلامذته إليه حتّى صارت سامرّاء مزدهرة بوجوده وزاهية بنور وجهه الوضّاء وأصبحت دار العلم وبيضة الإسلام والمرجع العامّ لأهل الدين والدنيا ؛ يقصدها العلماء من كلّ فجّ عميق إذ كانت كعبة آمالهم فصارت محطّ رحالهم وانحصرت رئاسة الإماميّة بل على الإطلاق فصار واحد دهره وإمام عصره.

آثاره قدس‌سره في سامرّاء

فلمّا استقرّت به الدار بنى مدرسة للطلّاب وهي إلى الآن تعرف بمدرسة الميرزا ،