توفي العلاّمة في مدينة الحلّة في شهر محرّم الحرام سنة ست وعشرين وسبعمائة ، ونقل إلى النجف الأشرف ، فدفن في حجرة عن يمين الداخل إلى حرم أمير المؤمنين عليه‌السلام من جهة الشمال ، وقبره ظاهر مزور.

وله وصيّة إلى ولده محمد أوردها في آخر كتابه « القواعد » نقتطف منها هذه الشّذرات :

عليك باتباع أوامر الله تعالى ، وفعل ما يرضيه ، واجتناب ما يكرهه ، والإنزجار عن نواهيه ، وقطع زمانك في تحصيل الكمالات النفسانية ، وصرف أوقاتك في اقتناء الفضائل العلمية ، والإرتقاء عن حضيض النقصان إلى ذروة الكمال ، والإرتفاع إلى أوج العرفان عن مهبط الجهّال ، وبذلك المعروف ، ومساعدة الإخوان ، ومقابلة المسيء بالإحسان ، والمحسن بالإمتنان ... وعليك بحسن الخلق ، فإنّ رسول الله صلى‌الله‌عليه‌وآله‌وسلم قال : « إنّكم لن تسعوا الناس بأموالكم ، فسعوهم بأخلاقكم » ... وعليك بكثرة الإجتهاد في ازدياد العلم والفقه في الدين ، فإنّ أمير المؤمنين عليه‌السلام قال لولده : « تفقّه في الدين ، فإنّ الفقهاء ورثة الأنبياء ، وإنّ طالب العلم يستغفر له من في السماوات ومن في الأرض ، حتى الطير في جوّ السماء ، والحوت في البحر ، وإنّ الملائكة لتضع أجنحتها لطالب العلم رضىّ به » ... وعليك بتلاوة القرآن العزيز ، والتفكّر في معانية ، وامتثال أوامره ونواهيه ، وتتبّع الأخبار النبوية ، والآثار المحمدية ، والبحث عن معانيها ، واستقصاء النظر فيها.