لكثرة كراماته. وقد دفن في المقبرة المعروفة لهم في نفس (الولاية) ، ومات سنة ١٢٤٧ ه».
نقل أنّ السيد باقر جلس لتدريس تلامذته في بعض الأيام فرآهم في المناظرات والجدل أشبه بالأسود الضارية. فترك التدريس برهة من الزمن ، وألزمهم بدراسة علم الأخلاق ، حتى لانت طباعهم.
مؤلفاته :
ذكرت للسيد باقر هذه المؤلفات : ١ ـ جامع الرسائل. ٢ ـ الفلك المشحون. ٣ ـ الوجيز في الأحكام. ٤ ـ الوسيط في الأحكام الشرعية.
وعندي نسخة من كتاب (الوسيط) بخطّ المؤلف ، كتب على صفحتها الأولى : «بسم الله تعالى ؛ مما منّ الله به عليّ بتصنيفه ، وتملّكه ، وأنا الباقر آل السيد أحمد الحسيني الشهير بالقزويني».
توفي السيد باقر سنة ١٢٤٦ ه / ١٨٣١ م آخر مرض الطاعون الذي أصاب النجف ، وأقبر في مقبرته التي أصبحت فيما بعد مدفنا لابن أخيه السيد مهدي القزويني ، وأولاده وأحفاده.
وذكر ترجمته البحاثة الشيخ عبد المولى الطريحي ، وأنقلها بالنصّ لندرتها :
السيد باقر ابن السيد أحمد القزويني الحسيني ، عالم كبير ، وفقيه شهير ، وهو الذي عقمت النساء أن تلد مثله ، صاحب المقامات العالية والكرامات الظاهرة بعصره ، وله أياد مشكورة ، وأعمال مبرورة ، وعلى الأخص في السنة التي عمّ الوباء فيها النجف وضواحيها ، وجميع أرجاء العراق. وقد جهّز السيد باقر (على ما يروي العلّامة المحدّث النوري الميرزا حسين ، عن إبن أخيه السيد مهدي ابن السيد حسن) ، وأظهر من البسالة والشجاعة وقوة القلب والتجلّد ، ما تحير به العقول والأفكار ؛ لم يوفّق لذلك الأمر العظيم