وحبس ، فلمّا ظهر موت ملكشاه وثب المماليك النظاميّة على سلاح وثاروا في البلد وأخرجوا بركيارق من الحبس وخطبوا له بأصبهان وملّكوه ، وكانت والدة بركيارق زبيدة ابنة ياقوتي بن داود وهي ابنة عمّ ملكشاه خائفة على ولدها من تركان خاتون أمّ محمود ، فاتفق أنّ محمودا مات بمرض الجدري بأصبهان سنة ٤٨٧ فهذا من أحسن الفرج بعد الشدّة لبركيارق. وفي سنة ٤٨٧ خطب ببغداد للسلطان بركيارق ولقّبه المقتدي بأمر الله العبّاسي بركن الدولة.

وفي هذه السنة قتل السلطان بركيارق عمّه تتش وغرّقه وقتل ولده معه ، وكان ملكشاه قد أخذه فلمّا خرج عليه كحّله وحبسه بقلعة تكريت ، فلمّا قتله بقي بسرّ من رأى. وفي سنة تسعين وأربعمائة جهّز بركيارق العساكر مع أخيه الملك سنجر وسيّرها إلى خراسان لقتال عمّه أرسلان أرغون ، فلمّا وصلوا إلى دامغان بلغهم خبر قتله فأقاموا حتى لحقهم السلطان بركيارق وساروا إلى نيسابور وملكها بغير قتال وكذلك سائر البلاد الخراسانيّة ، وساروا إلى بلخ وأرسل بركيارق إلى ماوراء النهر فأقيمت له الخطبة بسمرقند وغيرها ، ودانت له البلاد ، وفي سنة ثلاث وتسعين وأربعمائة سار بركيارق من الري إلى خوزستان ، ثمّ سار إلى واسط ودخل بغداد وأعيدت له الخطبة ، ثمّ سار من بغداد إلى شهرزور فأقام بها ثلاثة أيّام والتحق به عالم كثير من التركمان وغيرهم فسار نحو أخيه السلطان محمّد ليحاربه ووقعت بينهما حروب كثيرة ، ثمّ اتفقوا على الصلح ، في سنة أربع وتسعين وأربعمائة أمر السلطان بركيارق في شعبان بقتل الباطنيّة وهم الإسماعيليّة وهم الذين كانوا يسمّون القرامطة. وفي سنة خمس وتسعين وأربعمائة أمر وزيره مجد الدولة بعمارة مشهد سرّ من رأى.