بنفسه على الطلّاب ويجلس عندهم ، ويتفحّص عن أحوالهم ومعايشهم ، واتّصلت سلطنته بفتنة الأفاغنة ، فأخذ الشاه سلطان حسين أسيرا وحبس سنة ١١٣٧ ، ثمّ قتل في محبسه في الثاني والعشرين من المحرّم سنة ١١٤٠ ، فحمل نعشه إلى قم ودفن عند آبائه العالين الذين هم من أعاظم السلاطين في جوار الحضرة الفاطميّة سلام الله عليها.
نبذة من فتنة الأفاغنة
قال السيّد في روضات الجنّات في ترجمة إسماعيل بن محمّد حسين بن محمّد رضا الخاجوئي ما نصّه : فتغيّر ذلك الزمان ، وتزداد عاما فعاما إلى أن فشا الظلم والفسوق والعصيان في أكثر بلاد ايران ، وظهرت الدواهي في جلّ الآفاق والنواحي لا سيّما عراق العرب والعجم ، فلم يزل ساكنوها في شدّة وتعب ومحنة ونصب ، وانطمس العلم واندرست آثار العلماء ، وانعكست أحوال الفضلاء ، وانقضت أيّام الأتقياء حتّى أدرك بعضهم الذلّ والخمول ، وأدرك بعضهم الممات ، فثلم في الإسلام ثلمات ، وضعفت أركان الدولة ووهنت أساطين السلطنة حتّى حوصرت بلدة أصفهان واستولت على أطرافها جنود أفغان ، فمنعوا منها الطعام ، وفشا القحط الشديد بين الأنام ، وغلت الأسعار ، وبلغت قيمته لم يبلغ إليها منذ خلقت الدنيا ومن عليها ، وصارت سكنة أهل البلد إمّا مقيمين فيه جائعين وعن المشي والقيام عاجزين مستلقين على أقفيتهم في فراشهم لا يقدرون على السعي في تحصيل معاشهم ، أو مشرفين على الهلاك في مجلسهم يجودون للموت بأنفسهم حتّى صاروا أمواتا غير مدفونين في قبورهم ، وإن اتفق دفن بعضهم قليلا ما في فورهم. وإمّا هاربين من داخل البلد إلى الخارج ، فأرسل عليهم شواظ من نار مارج من صواعق نصال السهام والرماح من جيوش أعدائهم فاستحيوا مخدّرات