أولا : أن يكون بعد الفحص عن الدليل في الشبهة الحكمية فإذا فحص ولم يظفر بالدليل صح له الرجوع لأصل البراءة ، وذلك للأدلة الدالة على وجوب تحصيل العلم كآية النفر والسؤال والاخبار المتظافرة الدالة على وجوب تحصيل العلم والتفقه مؤيدا ذلك بالاجماع المنقول ولأنه لو أهمل الفحص عند اجراء البراءة يلزم يلزم إهمال التكاليف بل حصول شرع جديد ، ومقدار الفحص هو الى حد عدم لزوم الحرج والعسر للأدلة الدالة على نفي العسر والحرج في تكاليف الشريعة الاسلامية.
وأما الشبهة الموضوعية فلا يعتبر في اجراء الاصل الفحص ، فمتى شك في نجاسة بدنه ولم يكن له حالة سابقة أجرى أصل البراءة من وجوب تطهيره وليس عليه الفحص ، ويدل على ذلك اطلاق الاخبار مثل قوله (ع) «كل شيء لك حلال حتى تعلم أو حتى تستبين لك غير هذا أو تقوم به البينة أو حتى يجيئك شاهدان يشهدان ان فيه الميتة» ونحو ذلك.
وثانيا : أن لا يكون أصل مقدم عليه فإذا شك في حرمة أكل لحم الحيوان من جهة الشك في تذكيته فلا يرجع لأصل البراءة في نفي الحرمة لأن أصالة عدم التذكية مقدمة عليه ان قلنا بجريانه.
وثالثا : أن لا يعارضه أصل مثله كما في الإناءين المعلومة خمرية أحدهما فإن اصالة البراءة من الحرمة في كل منها معارض بأصالة البراءة عن الحرمة في الآخر إذا قلنا ان بينهما معارضة وسيجىء إن شاء الله في اصالة الاشتغال تحقيق الحال.
ورابعا : أن لا يكون في جريانه خلاف الامتنان على الامة لأن أدلته واردة في مقام المنة على العباد كما يرشد الى ذلك قوله (ص) «رفع عن أمتي» ، فلو لزم من جريان أصل البراءة الفساد والضرر فلا يجري.