وفاته وقبره :
لم يبرح الطوسي في النجف الأشرف مشغولا بالدراسة وتربية جيل من العلماء ، وتأليف الكتب ، والهداية والارشاد ، وسائر وظائف المرجعية والقيادة الدينية ، مدة اثنتي عشر سنة ، حتى وافاه الأجل ليلة الاثنين ٢٢ من المحرم سنة (٤٦٠) وخسره العالم الاسلامى والعلم. وتولّى غسله ودفنه تلميذه الحسن بن مهدي السليقي ، والشيخ أبو محمد الحسن بن عبد الواحد العين زربي ، والشيخ أبو الحسن اللؤلؤي ، ودفن في داره حسب وصيته ، وتحولت الدار بعده مسجدا حسب وصيته أيضا ، وقبره مزار يتبرّك به الناس ، وهو اليوم من أشهر مساجد النجف الأشرف يقع في شارع الطوسي ، ومن بركات هذا المسجد تنعقد فيه عشرات حلقات الدرس منذ تأسيسه حتى اليوم.
دور التوقّف :
بعد أن فسح المجدد الكبير الشيخ الطوسي «رحمهالله» المجال لتطوّر العلم في مجالاته المختلفة ، وخلّف التراث العظيم للأجيال الآتية ، أدّت أعمال الشيخ الطوسي الجبارة الى ردّ فعل عكسي وهو توقّف الفكر العلمي في مجال الفقه والأصول بعد وفاة هذا الرجل العظيم مدة أكثر من قرن.
فقد بقي تلاميذه وتلاميذ تلاميذه ينقلون آراء الشيخ الطوسي في الفقه والأصول ، والحديث والتفسير طيلة هذه المدة دون ما نقص أو زيادة أو مناقشة.
يحكي لنا الشيخ حسن بن زين الدين الشهيد صاحب المعالم ناقلا عن أبيه «رحمهالله» العامل الموجب لتوقّف الاجتهاد : «ان أكثر الفقهاء الذين نشئوا بعد الشيخ كانوا يتبعونه في الفتوى تقليدا له لكثرة اعتقادهم فيه وحسن ظنّهم به ، وروي عن الحمصي وهو ممّن عاصر تلك الفترة انه قال : لم يبق للامامة مفت على التحقيق بل