شأنه في ذلك شأن سائر الأئمّة المعصومين عليهم‌السلام ، وتسالم العلماء والفقهاء على الرجوع إلى رأيه في المسائل المعقدة والغامضة من أحكام الشريعة والعقيدة الاسلامية ، حتى إن المتوكل العباسي وهو ألدّ أعدائه كان يرجع إلى رأيه في المسائل التي اختلف فيها علماء عصره ، فيقدّم رأيه على آرائهم ، وكانوا يرجعون إليه في كل معضلة ، ويلجأون إليه في كل مأزق ، وأذعن سائر من ناظره من العلماء المعاصرين له بتفوقه العلمى.

ومن عطاءاته العلمية أنه واصل نشاط مدرسة الأئمّة المعصومين عليهم‌السلام من حيث المنهج والمادة ، ومهّد لمدرسة الفقهاء والمحدثين من أصحابه التي سارت على خطاها حتى اكتملت في زمان ولده الامام العسكري عليه‌السلام ، فكان للإمام الهادي عليه‌السلام دورٌ بارزٌ في إغناء تلك المدرسة وتغذيتها بروح الشريعة الغراء ، وسنة المصطفى السمحاء ، ورفدها بالمادة العلمية اللازمة لديمومتها واستمرار عطائها.

كما أعدّ جيلاً من رواد الفكر الاصيل الثقات فكانوا رواة وطلاباً وفقهاء ومؤلفين ووكلاء منتشرين في طول البلاد وعرضها ، يحرصون على تبليغ رسالته عليه‌السلام وإيصال كتبه ورسائله وهي تحمل أحكام الشريعة والعقيدة إلى قواعده في مختلف أطراف البلاد الشاسعة ، وتمكّن بالاشراف عليهم عن طريق التواقيع والمراسلات أن يكون له امتدادات واسعة في المواقع الاسلامية تؤمّن له الاتصال والتواصل مع قواعده الشعبية في ظلّ تلك الظروف العصيبة ، فيخطط لسلوكها ويحمي وجودها وينمي وعيها ، ويمدها بكل الأساليب التي تساعد على صمودها وارتقائها إلى مستوى الحاجة الاسلامية.

ونسبت إلى الإمام الهادي عليه‌السلام عدّة كتب ورسائل ومسائل في مجال