وتصدى الإمام عليه‌السلام لبعض الفرق التي كانت تموج بها الساحة الاسلامية آنذاك والتي رفعت راية الدعوات المنحرفة والشبهات الباطلة ، مبيناً زيفها وبطلانها ، فكان له موقف حازم تجاه بعض الفرق التي توقفت على بعض الأئمّة عليهم‌السلام كالواقفة والفطحية ، كما حذر أصحابه من الاختلاط بالصوفية الذين يظهرون التقشف والزهد لإغراء عامة الناس وبسطائهم وغوايتهم.

وانطلاقاً من مسؤوليته الرسالية في الدفاع عن العقيدة الاسلامية المقدسة ومبادئها السامية ومكافحة الكفر والالحاد ، اتخذ الامام عليه‌السلام مواقف صارمة من الغلو والغلاة الذين استفحلوا في زمانه ، فكانوا من المعاول الهدامة التي أرادت الاجهاز على الاسلام وعقائده الحقة بجملة مقالات باطلة خرجوا بها عن الجادة ؛ كوصفهم الامام عليه‌السلام بالألوهية ، واستهتارهم بالسنن الالهية ، وإسقاطهم الفرائض عمن دان بمذهبهم ، وإباحتهم كل ما حرم الله ونهى عنه كنكاح المحارم واللواط وقولهم بالتناسخ وما إلى ذلك من المفتريات ، فأعلن الامام عليه‌السلام عن كفرهم وضلالهم ، وصرح بلعنهم والبراءة منهم ، ودعا إلى نبذ أتباعهم ومقاطعتهم والاستخفاف بهم وتكذيب مقالاتهم الباطلة ، وحذر شيعته وسائر المسلمين من الاتصال بهم أو الانخداع بمفترياتهم ، حرصاً منه على تنزيه تعاليم الاسلام من التشويه والتحريف والافتراء وتصحيحاً للمسار الاسلامي بكل ما حوى من علوم ومعارف.

وكان عليه‌السلام علماً للهداية والاصلاح والارشاد بما يتحلى به من صفات الكمال وحسن السيرة والتفوق العلمي واسماع الموعظة وما ظهر على يده من كرامات حباها الله له ، فاستطاع أن ينقذ جماعة ممن أغرتهم الدنيا فانحرفوا عن جادة الطريق فاهتدوا ببركته عليه‌السلام إلى ساحل الامان ، وخرجوا من ظلمات