في القراءات القرآنية وموقفه من حديث الأحرف السبعة ، مختتما ذلك ببعض التطبيقات لقراءاته. ثم بينت جهوده في فضائل القرآن الكريم فوجدت أن معظمها قد استلهم فيها أحاديث جده رسول الله (صلى‌الله‌عليه‌وآله) وأقوال الصحابة (رضي الله عنهم) ، وختمت هذا الفصل في إبراز جهده المتعلق بتنقية تفسير القصص القرآني التي لا تكاد رواياته التفسيرية أن تخلو من الأفكار الإسرائيلية.

وقبل أن أعرج على الفصل الثاني قسمت المضامين القرآنية على ثلاثة : الأول : عقائدي والثاني : تشريعي والثالث : تربوي أخلاقي ، وبعدها تكلمت في الفصل الثاني على آرائه وأثرها في تفسير آيات العقائد فكانت مباحثه متمثلة بالتوحيد ونفي الصفات والنبوة والوحي والإمامة والمعاد والشفاعة ، وعرضت لآرائه في ذلك كله ثم عرضت ما يوافقها أو يخالفها من أقوال الصحابة أو التابعين مقارنا ومرجحا في أغلب الأحيان.

والفصل الثالث : اتسعت صفحاته للحديث عن جهود الإمام الباقر (عليه‌السلام) وأثرها في تفسير آيات الأحكام وقد قدمت له بتمهيد ، ثم قسمت تلك الجهود على أبواب الفقه فكانت هناك أقوال له في تفسير بعض آيات العبادات : من صلاة وزكاة وصوم وحج وغير ذلك ، وبعضها الآخر انتظم تحت مبحث المعاملات من المكاسب والنكاح والطلاق والرهن والدين وغير ذلك ، وبعضها الثالث كان من حصة الحدود والجنايات والقضاء. فكان منهجي فيه أن أستعرض أقوال المفسرين إلى جانب قول الإمام ، وأحيانا أعرض أقوال أئمة المذاهب الإسلامية الأخرى ، غير أني رجحت في بعض الأحيان بعض ما أراه راجحا حتى تبقى هذه الرسالة في حدود ما قدر لها أن تكون أي محصورة (في علوم القرآن والتفسير).

والفصل الرابع : عقدناه لإبراز الجانب التربوي والأخلاقي في فكر الإمام الباقر (عليه‌السلام) بصورة عامة ، وفي تفسيره بصورة خاصة ، وتحدثنا فيه