٥ ـ كان للإمام الباقر معالم واضحة ودلالات بينة في سلوك منهج تفسير القرآن بالقرآن ، فقد كان اعتماده عليه واضحا ، فهو يرى الترابط بين أجزاء القرآن ، وأن بعضه يفسر بعضا وكان جديرا بهذا التفسير وربطه الآيات بالآيات وتوضيحه مواضع بعضها بالمواضع الأخرى ، ورأينا طريقته في الجمع بين الآيات المتفرقة للوصول إلى معنى مشترك منها ليتوصل إلى فهم دقيق للمراد القرآني.

٦ ـ التزامه التزاما دقيقا في اعتماده السنة النبوية الصحيحة الصدور ، وكان متمسكا بسيرة جده رسول الله (صلى‌الله‌عليه‌وآله) اعتقادا وسلوكا ، وكانت عنده لها من القدسية ما جعله معها مؤرخا مختصا بالسيرة النبوية الشريفة.

٧ ـ اللغة هي الأساس في التعبير القرآني ، وقد أوصى الإمام الباقر (عليه‌السلام) بالرجوع إليها في الكثير من الأحيان لبيان بعض المعاني والألفاظ القرآنية ، وكان له استنباطات كثيرة بكثرة ما روي عنه في التفسير ، فقد كان غواصا في المعاني مقتنصا لشوارد المسائل ، متلمسا وجه العلة ومناسبة الحكم فأثرت عنه مجموعة من التعليلات الراجحة والتأويلات المقبولة.

٨ ـ أن الإمام الباقر (عليه‌السلام) لم ينكر صحة صدور حديث الأحرف السبعة عن جده رسول الله (صلى‌الله‌عليه‌وآله) ، بل أراد أن يوجه الحديث وجهة أخرى غير ما تعارف عليه جمع من المسلمين آنذاك من أن المقصود بالأحرف السبعة هي القراءات السبع فأراد إزالة الالتباس والتوهم والتفريق بينهما ، فلذلك قال : إن القرآن واحد ، نزل من عند الواحد ، وإنما الاختلاف يجيء من قبل الرواة.

٩ ـ أولى الإمام الباقر (عليه‌السلام) القصة القرآنية عنايته البالغة واهتمامه الشديد ، فإنك تشعر أن روايته القصصية تجعل المرء يعيش أجواء الآيات القرآنية بانسيابية وهدوء دون أثر لدس إسرائيلي أو خبر يهودي يشوه جمال النص القرآني ، ونجده أيضا قد التزم المنهج النبوي في الاستشهاد