الأول : حيث إن مورد هذه القاعدة الشك في الوجود ومورد قاعدة الفراغ الشك في الصحة كما سيجيء تكون النسبة بين القاعدتين العموم من وجه موردا ، فإنه قد يوجد مورد تجري فيه هذه دون تلك القاعدة ، كما إذا شك في إتيان الركوع بعد الدخول في السجود وقد يوجد مورد تجري فيه تلك القاعدة دون هذه ، كما إذا شك في صحة صلاته من جهة أنه زاد جزء أم لا أو جهر في موضع الإخفات عمدا أم لا ، وقد يوجد مورد يمكن التمسك بكلتا القاعدتين كما إذا شك في صحة صلاته من جهة أنه أتى بالركوع أم لا فيحكم بصحة الصلاة بإجراء قاعدة التجاوز في الركوع أو إجراء قاعدة الفراغ في نفس العمل لو لا القول بالسببية والمسببية.

الثاني : لا إشكال في عدم جريان هذه القاعدة في أجزاء الطهارات الثلاث فإذا شك المتوضي في غسل الوجه وقد شرع في غسل اليدين ، أو شك الجنب في غسل الرأس وقد دخل في غسل الطرف الأيمن مثلا لا يجوز له عدم الاعتناء ، والبناء على إتيانه بالجزء السابق بل اللازم إعادة الجزء على ما يحصل به الترتيب ، إلا أن الكلام في أنه هل القاعدة جارية في أجزاء كل عمل ذي أجزاء كجريانها في الصلاة خرج عنها أجزاء الطهارات الثلاث تخصيصا أو أنها مخصوصة بأجزاء الصلاة فقط ولا دليل عليها بنحو العموم ، فأجزاء الطهارات كأجزاء غيرها خارجة تخصصا وجهان لا يخلو ثانيهما من رجحان.