فقال له أمير المؤمنين : فأنا وصي سيد الأنبياء صلى‌الله‌عليه‌وآله وسيدُ الأوصياء . فقال له الراهب : فأنت إذن أصلع قريش ووصي محمد ؟ قال له أمير المؤمنين : أنا ذلك . فنزل الراهب إليه فقال : خذ عليَّ شرائع الإسلام ، إني وجدت في الإنجيل نعتك وأنك تنزل أرض براثا بيت مريم وأرض عيسى صلى‌الله‌عليه‌وآله ! فقال أمير المؤمنين صلى‌الله‌عليه‌وآله : قف ولا تخبرنا بشئ ثم أتى موضعاً فقال : إلكزوا هذه ، فلكزه برجله صلى‌الله‌عليه‌وآله فانبجست عين خرارة ، فقال : هذه عين مريم التي انبعثت لها !

ثم قال : إكشفوا هاهنا على سبعة عشر ذراعاً ، فكشف فإذا بصخرة بيضاء فقال علي صلى‌الله‌عليه‌وآله : على هذه وضعت مريم عيسى من عاتقها وصلت هاهنا ! فنصب أمير المؤمنين صلى‌الله‌عليه‌وآله الصخرة وصلى إليها ، وأقام هناك أربعة أيام يتم الصلاة ، وجعل الحرم في خيمة من الموضع على دَعْوِة « مسافة قريبة » ثم قال : أرض براثا ، هذا بيت مريم عليها‌السلام هذا الموضع المقدس صلى فيه الأنبياء عليهم‌السلام » !

وفي مناقب آل أبي طالب : ٢ / ١٠٠ : « قال أمير المؤمنين : فاجلس يا حُبَاب ، قال : وهذه دلالةٌ أخرى ، ثم قال : فانزل يا حباب من هذه الصومعة وابن هذا الدير مسجداً ، فبنى حباب الدير مسجداً ، ولحق أمير المؤمنين صلى‌الله‌عليه‌وآله إلى الكوفة ، فلم يزل بها مقيماً حتى قتل أمير المؤمنين صلى‌الله‌عليه‌وآله ، فعاد حباب إلى مسجده ببراثا » .

ومن ذلك اليوم والى عصرنا الحاضر ، صار مسجد براثا مركزاً علمياً وعبادياً واجتماعياً للشيعة ، ومَعْلَماً من معالم بغداد .