بكاؤهم وضجتهم ، فرُدَّ النعشُ إلى داره فدفن فيها ، وسنهُ أربعون سنة ، وخلَّفَ من الولد الذكور اثنين : الحسن ، وجعفر » .

وفي دلائل الإمامة / ٤٠٩ : « كانت سِنُوُّ إمامته بقية ملك الواثق ، ثم ملك المتوكل ، ثم أحمد المستعين ، ثم ملك المعتز ، وفي آخر ملكه استشهد ولي الله ، وقد كمل عمره أربعون سنة ، وذلك في يوم الإثنين لثلاث خلون من رجب سنة خمسين ومائتين من الهجرة ، مسموماً ، ويقال إنه قبض الإثنين لثلاث خلون من شهر رجب سنة أربع وخمسين ومائتين من الهجرة . ويقال يوم الإثنين لخمس ليال خلون من جمادى سنة أربع وخمسين ومائتين . ودفن بسر من رأى في داره » .

وفي إعلام الورى « ٢ / ١٠٩ » : « وكانت في أيام إمامته عليه‌السلام بقية ملك المعتصم ، ثم ملك الواثق خمس سنين وسبعة أشهر ، ثم ملك المتوكل أربع عشرة سنة ، ثم ملك ابنه المنتصر ستة أشهر ، ثم ملك المستعين وهو أحمد بن محمد بن المعتصم ، سنتين وتسعة أشهر ، ثم ملك المعتز وهو الزبير بن المتوكل ثماني سنين وستة أشهر وفي آخر ملكه استشهد ولي الله علي بن محمد عليه‌السلام ودفن في داره بسر من رأى » .

وقال ابن الجوزي في تذكرة الخواص « ١ / ٣٢٤ » : « وكان سنه يوم مات أربعين سنة . وكانت وفاته في أيام المعتز بالله ، ودفن بسر من رأى ، وقيل إنه مات مسموماً » .

وقال الخطيب في تاريخ بغداد « ١٢ / ٥٦ » : « أشخصه جعفر المتوكل على الله من مدينة رسول الله صلى‌الله‌عليه‌وآله الى بغداد ، ثم الى سر من رأى ، فقدمها وأقام بها عشرين سنة وتسعة أشهر ، الى أن توفي ودفن بها في أيام المعتز بالله » .