وقد حدثت في سنة ( ١٢٥٨ ه‍ ) واقعة هجوم محمد نجيب باشا العثماني على كربلاء وأدّت إلى قتل سكّانها ، فاضطرّ قدس‌سره إلى الخروج منها ، فهاجر إلى أصفهان حتى هدأت الفتنة ، فعاد بعدها إلى محلّ هجرته واستقرّ به المقام في النجف الأشرف ملتحقا بحوزتها العلمية التي كانت تعتبر أكبر الحوزات الشيعية.

فحضر درس خاتم المجتهدين الشيخ مرتضى الأنصاري قدس‌سره ما يقرب من عشرين سنة ، وأصبح يتعاظم منزلة يوما فيوما حتى ذاع صيته ونبغ في الوسط العلمي من بين أقرانه وصار أحد أركان حوزته ومعتمد استاذه ومقرّر أبحاثه ، وفي حينها صرّح استاذه باجتهاده في مواقع من مجالسه ، واشتهرت علميّته وفضله ، فكان بعد فراغ استاذه من الدرس يقرّر ما أخذه في الفقه والاصول لجماعة من أقرانه وجلسائه في حلقة الدرس.

عزم على الرجوع إلى طهران سنة ( ١٢٧٧ ه‍ ) ، فالتقى استاذه الشيخ الأنصاري فطلب منه الشيخ الأعظم القيام بوظيفته الشرعية أينما حلّ وارتحل ، وبذلك أصبح قدس‌سره من زعماء الدين الذين يشار إليهم بالبنان ، فعاد مرجعا في الفتيا والتدريس ونشر العلم وسائر أحكام الدين. وكان يحضر دروسه جمع غفير من العلماء والفضلاء ، فدرّس الفقه والاصول (٧) سنوات في مدرسة المروي.

تلامذته :

١ ـ نجله الميرزا أبو الفضل الطهراني ( ت ١٣١٦ ه‍ ). وقد روى عنه بطريقه.

٢ ـ الشيخ محمد صادق الطهراني المعروف بـ « البلور » ، ( ت ١٣١٧ ه‍ ).

٣ ـ الملاّ علي بن فتح الله النهاوندي النجفي ( ت ١٣٢٢ ه‍ ).

٤ ـ الشيخ علي أكبر بن محمد مهدي الحكمي ( ت ١٣٢٢ ه‍ ).