واعتماده عليه ـ على عادته في سائر تصانيفه من الاعتماد على كتب السابقين وتضمين مضامينها في كتبه ـ وإجراء الزيادة اللازمة ، وحذف الزائد منها ، وتقديم ما حقه أن يقدّم ، وتأخير ما حقّه أن يؤخر ، حتى يخرج كتابه بالمنهجية الموسوعية الجامعة التي يرتضيها وهو يصرح بذلك فيقول : (ورتّبت أنواعه ترتيبا أنسب من ترتيب «البرهان» ، وأدمجت بعض الأنواع في بعض. وفصّلت ما حقّه أن يبان وزدته على ما فيه من الفوائد والفرائد ، والقواعد والشوارد ما يشنّف الآذان ، وسمّيته «بالإتقان في علوم القرآن»).

بلغت الأنواع عند السيوطي ثمانين نوعا ، بينما هي عند الزركشي سبعة وأربعون ، فيكون بذلك قد أضاف ثلاثة وثلاثين نوعا على ما في البرهان وهو عدد كبير يقارب ثلثي أنواع «البرهان» ، وهذه الزيادة منها ما هو توسعة لنوع واحد عند الزركشي ، كالنوع العاشر في «البرهان» وهو : معرفة أول ما نزل وآخر ما نزل جعله السيوطي نوعين هما السابع أول ما نزل ، والثامن : آخر ما نزل ، وكالنوع السابع والسبعين في «البرهان» وهو : تفسير القرآن ، جعله السيوطي خمسة أنواع هي : الثاني والأربعون قواعد مهمة يحتاج المفسّر إلى معرفتها ، والسابع والسبعون : تفسيره ، والثامن والسبعون : شروط المفسر وآدابه ، والتاسع والسبعون : غرائب التفسير ، والثمانون : طبقات المفسرين. وهكذا.

ومنها ما هو جديد لم يذكره الزركشي في «البرهان» كالنوع السادس وهو : الأرضي والسمائي ، والنوع الثاني ، وهو : الحضري والسفري ، والرابع ، وهو : الصيفي والشتائي ، والخامس وهو : الفراشي والنومي ، والحادي عشر وهو : ما تكرر نزوله...

وقد تصرف السيوطي بالأنواع التي أخذها من «البرهان» فقدّم بعضها وأخّر بعضها الآخر ، واختصر بعضها ، ووسّع بعضها الآخر ، ومن أمثلة تقديمه وتأخيره للأنواع ، أنه جعل النوع الأول في «البرهان» وهو : سبب النزول ، تاسعا في «الإتقان» ، والتاسع في «البرهان» وهو : المكي والمدني ، أولا عنده ، والرابع في «البرهان» وهو : الوجوه والنظائر تاسعا وثلاثين عنده ، وهكذا...

ومن أمثلة اختصاره وتوسيعه للأنواع أنه جعل الناسخ والمنسوخ في (١٨) صفحة بينما جاء عند الزركشي في (٥) صفحات ، وهو يماثل أربع أضعافه تقريبا ، وجعل غريب القرآن في (٨٥) صفحة بينما هو عند الزركشي في (٦) صفحات ، وهذه الزيادة