وقيل : ١١٨ سنة توفّي في التيه الذي أصاب بني إسرائيل بجبل هور في طور سيناء ، ودفنه موسى عليه‌السلام بها ، وقيل : دفن في جبل مران ، وقيل : في جبل وموات.

وكانت وفاة موسى عليه‌السلام بعده بثلاث سنين.

نقل عن الإمام الصادق عليه‌السلام أنّه قال : «موسى عليه‌السلام وهارون عليه‌السلام ذهبا إلى جبل طور سيناء ، وعند الجبل مرّا على بيت أمامه شجرة معلّقة عليها قطعتا لباس ، فأمر موسى عليه‌السلام ، هارون عليه‌السلام أن يخلع ملابسه ويلبس ما على الشجرة ، ففعل هارون عليه‌السلام ذلك ، ثمّ طلب موسى عليه‌السلام منه الدخول إلى داخل ذلك البيت والنوم على سرير كان داخل الدار ، فدخل الدار ونام على السرير ، فأتاه ملك الموت وقبض روحه.

فلمّا رجع موسى عليه‌السلام إلى قومه أخبرهم بموت هارون عليه‌السلام فكذّبوه واتّهموه بقتله ، فطلب من الله أن يبرّئه ممّا اتّهموه به ، فأرسل الله عددا من الملائكة حاملين جثمان هارون عليه‌السلام على تابوت في الهواء ، فلمّا شاهد الإسرائيليّون جثمانه صدّقوا موسى عليه‌السلام في موت أخيه».

القرآن المجيد وهارون بن عمران عليه‌السلام

(وَعِيسى وَأَيُّوبَ وَيُونُسَ وَهارُونَ ...) النساء ١٦٣.

(وَأَيُّوبَ وَيُوسُفَ وَمُوسى وَهارُونَ ...) الأنعام ٨٤.

(رَبِّ مُوسى وَهارُونَ) الأعراف ١٢٢.

(وَقالَ مُوسى لِأَخِيهِ هارُونَ ...) الأعراف ١٤٢.

(وَأَخَذَ بِرَأْسِ أَخِيهِ يَجُرُّهُ ...) الأعراف ١٥٠.

(قالَ رَبِّ اغْفِرْ لِي وَلِأَخِي وَأَدْخِلْنا فِي رَحْمَتِكَ ...) الأعراف ١٥١.

(ثُمَّ بَعَثْنا مِنْ بَعْدِهِمْ مُوسى وَهارُونَ ...) يونس ٧٥.

(وَأَوْحَيْنا إِلى مُوسى وَأَخِيهِ ...) يونس ٨٧.

(قالَ قَدْ أُجِيبَتْ دَعْوَتُكُما فَاسْتَقِيما ...) يونس ٨٩.

(وَوَهَبْنا لَهُ مِنْ رَحْمَتِنا أَخاهُ هارُونَ ...) مريم ٥٣.