كان مغلقا طيلة قرون ، فقد نبذ طريقة التقليد السلفي ، وأعطى للعقل حريته في النقد والتمحيص. وسار على منهجه الأجلّاء من تلامذته ، أمثال السيد محمد رشيد رضا ، والشيخ محمد محمد القاسمي ، والشيخ أحمد مصطفى المراغي ، ومن جاء بعدهم جاريا على نفس التعاليم ، أمثال السيد قطب ، والشيخ محمد جواد مغنية ، والشيخ محمد الصادقي ، والسيد محمد حسين فضل الله ، والسيد محمد الشيرازي ، والشيخ سعيد حوى ، والأستاذ محمد علي الصابوني ، والسيد محمد تقي المدرسي ، والشيخ ناصر مكارم الشيرازي. والذي فاق الجميع في هذا المجال ، هو العلامة الفيلسوف السيد محمد حسين الطباطبائي ، الذي حاز قصب السبق في هذا المضمار.

وإليك بعض الكلام عن أهم ما كتب من جلائل التفسير المدوّن في هذا العصر :

المنار (تفسير القرآن العظيم)

تفسير حافل جامع ولكنه غير كامل ، يشتمل على اثني عشر مجلدا وينتهي عند الآية (٥٣) من سورة يوسف. كان من أوّل القرآن إلى الآية (١٢٦) من سورة النساء بإنشاء الشيخ محمد عبده (المتوفى سنة ١٣٢٣ ه‍) وإملاء السيد رشيد رضا (المتوفّى سنة ١٣٥٤) ومن بعده سار السيّد في التفسير متّبعا منهج الشيخ في تفسيره للآيات حتى سورة يوسف.

كان الشيخ يلقي دروسه في التفسير بالجامع الأزهر على الطلاب لمدّة ست سنوات ، وكان السيد رشيد رضا يكتب ما سمعه ويزيد عليه بما ذاكره مع الشيخ ، وقام بنشر ما كتب في مجلته «المنار» وذلك بعد مراجعة الأستاذ ليقوم بتنقيحه وتهذيبه ، أو إضافة ما يكمله.