ثم انتقل بها إلى اليمن.
وبعد وفاة النبي سنة ١١ ه ، وأثناء حكومة أبي بكر بن أبي قحافة ارتدّ ، فبعث أبو بكر جيشا إلى اليمن فأسروه وأحضروه بين يدي أبي بكر ، فأمر بإطلاق سراحه ، فأقام في المدينة.
شهد واقعة اليرموك في الشام ، وفيها فقئت عينه ، ثم اشترك في حروب العراق ، كالقادسية والمدائن وجلولاء ونهاوند.
في عهد عثمان بن عفان تولّى بلاد آذربيجان ، ولم يزل عليها حتى أيّام الإمام أمير المؤمنين عليهالسلام ، فانتقل إلى الكوفة وابتنى بها دارا ، وشهد مع الإمام عليهالسلام واقعة صفين ، ثم انقلب خارجيا منافقا ملعونا ، وصار من أعداء الإمام عليهالسلام وخصومه ، فكان من الّذين ألزموا الإمام عليهالسلام على التحكيم ، وكان قبل ذلك من الّذين كتموا الشهادة لولاية الإمام عليهالسلام عن رسول الله صلىاللهعليهوآله.
قال الامام الصادق عليهالسلام : «إن رسول الله صلىاللهعليهوآله لعن أقواما ، فجرى اللعن فيهم وفي أعقابهم إلى يوم القيامة» فكان الأشعث من جملة الذين لعنهم النبي صلىاللهعليهوآله.
نهى الإمام أمير المؤمنين عليهالسلام الناس عن الصلاة في خمسة مساجد ، منها : مسجد الأشعث بن قيس بالكوفة.
قال الإمام الباقر عليهالسلام : «إنّ بالكوفة مساجد ملعونة ومساجد مباركة ، فأما المساجد الملعونة : مسجد ثقيف ومسجد الأشعث».
وصفه الإمام أمير المؤمنين عليهالسلام بابن الخمّارة ، وقال في حقه : «أيها الناس! إنّ الأشعث لا يزن عند الله جناح بعوضة ، وإنّه أقلّ في دين الله من عفطة عنز».
في أحد الأيّام من خلافة الإمام أمير المؤمنين عليهالسلام خرج الأشعث بصحبة أحد الخوارج إلى جبانة الكوفة ، فأخذا يذمّان الإمام عليهالسلام ، فمرّ بهما ضبّ يعدو ، فناديا الضبّ : يا أبا حسل! هلمّ نبايعك بالخلافة. فبلغ ذلك الإمام عليهالسلام ، فقال : «إنّهما يحشران يوم القيامة وإمامهما ضب».
قال العلماء والمحققون : إنّ كلّ فساد واضطراب كان يحدث في خلافة الإمام