عمر بن الخطاب رضي‌الله‌عنه فاشتدّ غضبه على العلاء رضي‌الله‌عنه ، وكتب إليه بعزله وتوعده وأمره بأثقل الأشياء عليه وأبغض الوجوه إليه ، بتأمير سعد بن أبي وقاص عليه وقال : الحق بسعد بن أبي وقاص بمن معك ، فخرج رضي‌الله‌عنه من البحرين بمن معه نحو سعد رضي‌الله‌عنه ، وهو يومئذ على الكوفة ، وكان بينهما تباين وتباعد ، وكتب عمر رضي‌الله‌عنه إلى عتبة بن غزوان بأنّ العلاء بن الحضرميّ حمل جندا من المسلمين في البحر فأقطعهم إلى فارس وعصاني ، وأظنه لم يرد الله عزوجل بذلك ، فخشيت عليهم أن لا ينصروا وأن يغلبوا ، فاندب لهم الناس وضمهم إليك من قبل أن يجتاحوا ، فندب عتبة رضي‌الله‌عنه الناس وأخبرهم بكتاب عمر رضي‌الله‌عنه ، فانتدب عاصم بن عمرو ، وعرفجة بن هرثمة ، وحذيفة بن محصن ، ومجراة بن ثور ، ونهار بن الحارث ، والترجمان بن فلان ، والحصين بن أبي الحرّ ، والأحنف بن قيس ، وسعد بن أبي العرجاء ، وعبد الرحمن بن سهل ، وصعصعة بن معاوية رضي الله تعالى عنهم. فساروا من البصرة في اثني عشر ألفا على البغال يجنبون الخيل ، وعليهم أبو سبرة بن أبي رهم رضي‌الله‌عنهم ، فساحل بهم حتى التقى أبو سبرة وخليد حيث أخذت عليهم الطرق ، وقد استصرخ أهل اصطخر أهل فارس كلهم فأتوهم من كل وجه وكورة ، فالتقوا هم وأبو سبرة فاقتتلوا ، ففتح الله على المسلمين وقتل المشركون ، وعاد المسلمون بالغنائم إلى البصرة ، ورجع أهل البحرين إلى منازلهم.

فلما فتح الله تعالى الشأم ألح معاوية بن أبي سفيان وهو يومئذ على جند دمشق والأردن ، على عمر رضي‌الله‌عنه في غزو البحر وقرب الروم من حمص. وقال : إنّ قرية من قرى حمص ليسمع أهلها نباح كلابهم وصياح دجاجهم ، حتى إذا كاد ذلك يأخذ بقلب عمر رضي‌الله‌عنه اتهم معاوية لأنه المشير ، وأحب عمر رضي‌الله‌عنه أن يردعه فكتب إلى عمرو بن العاص وهو على مصر ، أن صف لي البحر وراكبه ، فإنّ نفسي تنازعني إليه وأنا أشتهي خلافها. فكتب إليه : يا أمير المؤمنين ، إني رأيت البحر خلقا كبيرا يركبه خلق صغير ، ليس إلّا السماء والماء ، إن ركد حزّن القلوب ، وإن زلّ أزاغ العقول ، يزداد فيه اليقين قلة ، والشك كثرة ، هم فيه كدود على عود ، إن مال غرق وإن نجا برق.

فلما جاءه كتاب عمرو ، كتب رضي‌الله‌عنه إلى معاوية : لا والذي بعث محمدا بالحق لا أحمل فيه مسلما أبدا ، إنّا قد سمعنا أنّ بحر الشأم يشرف على أطول شيء في الأرض ، يستأذن الله تعالى في كل يوم وليلة أن يفيض على الأرض فيغرقها ، فكيف أحمل الجنود في هذا البحر الكافر المستصعب ، وتالله لمسلم واحد أحب إليّ مما حوته الروم ، فإياك أن تعرض لي وقد تقدّمت إليك ، وقد علمت ما لقي العلاء مني ولم أتقدّم إليه في مثل ذلك. وعن عمر رضي‌الله‌عنه أنه قال : لا يسألني الله عزوجل عن ركوب المسلمين البحر أبدا. وروي عنه ابنه عبد الله رضي‌الله‌عنهما أنه قال : لولا آية في كتاب الله تعالى لعلوت راكب البحر بالدرة.