وقامت في عهده حروب عديدة بينه وبين خصومه ، من أمثال أم المؤمنين عائشة ابنة أبي بكر وطلحة والزبير ومعاوية بن أبي سفيان ، وكان الكل مجتهداً يُؤجر إن أخطأ أو أصاب ، ولا يحق لأحد مهما كان مقامه العلمي والديني سامياً أن يمحّص الطرفين ليفرز المحق من المبطل ، والمعتدي من المعتدى عليه ، وانما الجميع مجتهدون متأوّلون أمرهم الى الله تعالى ، يحكم بينهم فيما كانوا فيه يختلفون.
ثم قامت حركة الخوارج في عهد علي ، وأدت الى مقتله واعتلاء معاوية لسدّه الخلافة حيث تلقّب بأمير المؤمنين ، وإبتدأ العهد الأموي.