وأصيب المسجد بأضرار أكثر عندما اقتحمه السيل الذي سموه سيل الخديوي في عام ١٣٢٧ فقد أخل بنحو ٢٢ أسطوانة عدا وجوه الخراب الأخرى فأمر السلطان محمد رشاد في عام ١٣٣٤ بعمارة عمومية شملت كثيرا من أجزاء المسجد وأراد ابدال الاسطوانات بغيرها ولكنه تعذر ذلك عليهم لان الحرب