سقيفة بني ساعدة ، واختاروا أبا بكراً خليفة على المسلمين ، ولم يكن علي ضمن المجتمعين ، لأنه كان منشغلاً بتجهيز ودفن الرسول صلىاللهعليهوآله.
وكان علي بن أبي طالب طيلة عهد الخليفة الاول ، مثال الرجل الناصح الذي يسعى لتطبيق الحدود الشرعية وعدم التواني أو التهاون في تنفيذها بحق مستحقيها ، ولم يطُلْ عهد الخليفة أبي بكر سوى سنتين ، إذ اوصى أن يكون عمر بن الخطاب ، خليفة من بعده على المسلمين.
ودام عهد الخليفة الثاني نحو عشر سنوات ، وكان علي مسالماً للنظام الحاكم مادام المسلمون لم يتذمّروا من سياسته ، وحاول علي توجيه الخليفة الثاني لتطبيق الحدود الشرعية ما استطاع الى ذلك سبيلاً ، وتعامل مع سياسة عمر بالتي هي أحسن ، فيشاوره إذا طل منه المشورة ، ولم يتوانَ عن الاجابة على الاسئلة والاستفسارات الشرعية التي يوجّهها له الخليفة الثاني ، بل وحتى تصحيح الأخطاء في قضاء الخليفة ، ولذلك طالما قال عمر في مدح علي اقوالاً مثل : أقضانا علي ، ولا أبقاني الله لمعضلة ليس لها ابو الحسن ولما طعُن الخليفة الثاني ، وتيقّن من موته ، عيّن هيئة للشورى من ستة أعضاء ـ من ضمنها ـ علي ، لتنتخب من بينها خليفة له ، وقد بيّن عمر مساوئ خمسة من أعضاء الشورى إلا علياً فقال لو اصبح خليفة فسيحمل الأمّة على المحجّة البيضاء.
واشترط عليه عبد الرحمن بن عوف إنْ أصبح خليفة أنْ يسير بسيرة النبي صلىاللهعليهوآله والخليفة الاول والثاني وان لا يختار وُلاتَه من بني هاشم ، فرفض الشرطين ، فهو رضي أن يسير على وفق سُنّة رسول الله دون الخليفتين الاول والثاني اللذين كانا مجتهدَين وليس من واجبه أن يستن بسُنّتهما ، كما ان في بني هاشم رجالاً أسوياء وكفوئين فلا معنى أن يهملهم أو يحرمهم من الولاية حسب الشرط الثاني.
وهكذا تم حرمان علي من الخلافة وتصدّى لها عثمان بن عفان الذي قبل