بالشرطين ، وكانت مدة ولايته في حدود اثنتي عشرة سنة ، في السنوات الست الأولى لم يكن هناك اعتراض أو نقد لسيرته في الحكم ، لكنه في السنوات الست الأخيرة من حكمه ، نكث العهد الذين عاهد هيئة الشورى عليه ، أي الالتزام بالشرطين ، فهو لم يسنن بسُنّة الخليفتين الاول والثاني ، فضلاً عن تجاوزه على سُنّة الرسول صلىاللهعليهوآله ، ثم سلّط بني أمية على رقاب المسلمين ، فثارت ثائرتهم ومن بينهم المهاجرون والانصار ، وكانت سياسة علي ، إصلاح ذات البين ونزع فتيل الفتنة. وكان الطرفان ، الخليفة الثالث والثوار يستشيرونه ، فيشير على الطرفين بما يدرأ الفتنة قبل حدوثها ، وكانت مطالب الثوار معقولة وعادلة ، ولذلك طالما نصح عليّ ، الخليفة الثالث بالاستجابة لمطالب الثوار ، وهي عزل ولاته من أقاربه وبني أمية ، وتنحية مروان على الأخص ، والإتيان بولاة وعمال نزيهين مكانهم ، وتعهّد عثمان بن عفان بتحقيق مطالب الثوار ثم نكث عهده بتأثير من قريبه مروان بن الحكم.
وكان الخليفة عثمان ، يحاول أن يجذب علياً الى جانبه في التصدّي للثوار ، لكن عليّاً لم يكن يوافق على أي خطوة من هذا القبيل إلا إذا غيّر الخليفة بطانته وسياسته في الحكم والعودة لتطبيق السُنّة النبوية.
وحين يأس من اي استجابة لعثمان ، انزوى في بيته حتى لا يكون شاهداً على نتائج الفتنة التي لم تكن في صالح الأمّة .. ولما عَلمَ علي بن أبي طالب أن الثوار ومن يحضّهم من المهاجرين والانصار ، يسعون الى قتل الخليفة ، خرج من عزلته ووضع إبنيه الحسن والحسين على باب دار الخلافة حتى يمنعوا الثوار من دخوله ، معتقداً ان قتل الخليفة عثمان سيؤدي الى فتنٍ ، واحدة تلو الأخرى ، والاجدر أن يقوم الثوار بعزل الخليفة بالقوة ، وانتخاب خليفة بديل له يحظى بقبول الجميع ، غير انّ تسوّر بعض الثوار الجدار والقيام بقتل عثمان ، أُسقط في يد علي ، ثم قيام أهل المدينة بأجمعهم بالضغط