على علي لكي يقبل بمبايعته خليفة على المسلمين ، حيث رفض علي في بادئ الأمر ، لان الفتنة كانت مستشرية معقّدة ، فطلب علي من المهاجرين والانصار ومعهم أهل الامصار ، انتخاب من يرونه يصلح للخلافة منهم ، لكن إصرار الجميع وإجماعهم على مبايعته ، اضطرّه الى القبول ، ولكن اشترط عليهم السير طبق السُنّة النبوية وإصلاح كل المفاسد السابقة ، فقبلوا بشروطه ، وتمت بيعة المهاجرين والانصار جميعاً عدا ثلاثة من الصحابة وهم ، عبد الله بن عمر وسعد بن أبي وقاص ومحمد بن مسلمة الذين رفضوا فقط مبايعة عليّ على قتال الناكثين ، لانهم لم يشهدوا ـ حسب رأيهم ـ حرباً بين مسلمين.
أما إعلان الحرب من قبل عائشة وطلحة والزبير ومعهم بنو أمية ، ضد علي حتى يسلّم قتلة عثمان ، تحت ذريعة الطلب بدم عثمان ، فما هي إلا حجة مرفوضة لأن علياً أصبح خليفة بدلاً من طلحة أو الزبير ، ولم يكن علي بن أبي طالب ، مستعداً لتسليم من ساهم في قتل الخليفة ، مادام القتلة الحقيقيون هم من حرّض على قتله مباشرة ، وهم عائشة وطلحة والزبير الذين لم يطالبوا بدم عثمان إلا عندما بايع المسلمون علياً ، ثم ان الخليفة لم يتب أبداً ولم يغير بطانته او يصحّح سيرته ، وان تسليم القتلة لهم ، سيكون تزكية وتنزيهاً لكل ممارسات عثمان المخالفة للقرآن والسُنّة النبوية ، ولذا عندما طلب الناكثون في حرب الجمل من عليّ تسليم القتلة ، أجاب جيشه برمته بأنهم قتلة عثمان ، لأنه كلهم ساهموا في قتله بطريقة أو بأخرى ، وان الناكثين هم من بايعوه ثم نكثوا البيعة ومن حقه قتالهم في تلك الحرب التي كانت بين معسكرين ، معسكر يضم عائشة وطلحة والزبير وبني أمية ومعهم شريحة من أهالي البصرة ، وبين علي الخليفة المُبَايع ومعه سائر المهاجرين والانصار وأهل الكوفة ومصر ، وهكذا انتصر عليّ على الناكثين ، وبقي يحكم أربع سنوات ونيف. وشهد حكمه ، فضلاً عن حرب الجمل ، حربين