السيّد الخوئي فقها وأصولا رغم استغنائه وبلوغه مرحلة الاجتهاد ، وكان مورد انتقاد من يرى ذلك لا يناسب مكانة الشيخ ، إلّا أنه كان يردّ عليه قائلا حضوري في درس المرجع فيه فائدة تأييد المرجعية.
وفي قبال ذلك فقد كان السيّد الخوئي قدسسره يحترم الشيخ أشدّ الاحترام فكنّا نرى أنّه لا يجيب أحدا إذا تكلّم في درسه الأصولي أو الفقهي إلّا الشيخ الذي كان يجلس إلى جنب منبره ، فإذا أشكل عليه أو تكلّم معه ، فإنه يجيبه على إشكاله ، وفي مرات متعددة كان يتراجع السيّد الخوئي في اليوم الآخر عمّا قاله نتيجة استشكال الشيخ في درسه كما كنّا نشاهد ذلك أيام حضورنا درس السيّد الخوئي في بحث الصوم.
وكان إذا رأى السيّد الحكيم في الطريق ينكبّ عليه فيقبّل يده ، وكذا كانت سيرته مع أستاذه السيّد الخوئي ، وكان يقول : نقبّل أياديهم أمام الناس ليعرف الناس مكانة المرجع والعالم حينما يروننا هكذا نتعامل معهم ونحن من يعرفون.
قضاء حاجات الناس :
كثيرا ما كان يهتم بقضاء حاجات الناس الذين يطلبون منه قضاء حاجاتهم ، فقد رأيناه المستجيب لكل من يطلب منه قضاء حاجته إما مباشرة أو بتوسّطه لمن يتمكن من قضائها ، سواء كانوا من أهل العلم أو من غيرهم وهنا قصّة في الموضوع أخبرنا بها السيّد الفاضل الحجّة الكبير السيّد طالب الرفاعي ، حيث رواها لنا أكثر من مرّة في قم المقدّسة ، وفي مشهد الإمام الرضا بصحبة السيّد عبد الكريم القزويني ـ حفظه الله تعالى ـ حيث قال السيّد الرفاعي : في يوم من الأيام ونحن في حلقة الدرس إذ قال الشيخ : وردتني رسالة من الأردن يطلب فيها صاحبها قضاء حاجته عند الدولة العراقية في ذلك الوقت ، وقد كان الشيخ يفكر في كيفية ذلك.
يقول السيّد الرفاعي فقلت له : يا شيخنا هل تعرف صاحب الرسالة؟ فقال : لا أعرفه. فقلت له : هل هو على طريقتك في نهج الحياة؟ فقال : لا أدري ، فقلت له :