وحينئذ أخذ شبان المدينة وترك شيوخها واستمر في طريقه فجاء مدينة نور ، وهؤلاء أيضا حاصروا في المدينة فأرسل عليهم جنگيزخان رسولا. وبعد تعاطي السفراء الكثيرين جاء الأهلون بهدايا إلى الخان ورأوا منه حسن معاملة ، فأمر أن يأخذ الأهلون ما يتمكنون على أخذه من بذور وبقر وغيرها وأن يخرجوا بها ، والباقي ترك جيشه ينتهبه فانتهبه.
وفي سنة ٦١٦ ه (وفي العبري في اوائل المحرم سنة ٦١٧ ه ١٢٢٠ م) جاء إلى بخارى فأحاط بها ، وفي منتصف الليل هاجم كوك خان ، وسوينج خان وكوچلوخان بعشرين ألفا من العساكر ، فعلم بذلك جنگيزخان فاتخذ لذلك الترتيبات اللازمة فتقاتل الفريقان بشدة وكانت الحرب طاحنة. وفي النتيجة تمت الغلبة لجنگيزخان فنكل بالعشرين ألفا.
(وفي ابن العبري أن هؤلاء تحققوا عجزهم عن مقاومة المغول فخرجوا من الحصار بعد غروب الشمس فأدركهم المحافظون من عسكر المغول على نهر جيحون فأوقعوا فيهم وقتلوهم كافة ولم يبقوا منهم أثرا). وفي وقت السحر ؛ قد فتح مفتي المدينة وعلماؤها الأبواب فجاؤوا إلى الخان ، فدخل جنگيزخان بنفسه المدينة ، وقد قال ابن الأثير إن دخول جنگيز المدينة كان يوم الثلاثاء رابع ذي الحجة سنة ٦١٦ ه ١٢٢٠ م وذلك أنهم حصروا بخارى وقاتلوا أهلها ثلاثة أيام قتالا شديدا متتابعا.
فلم يكن للعسكر الخوارزمي بهم قوة ففارقوا البلد عائدين إلى خراسان.
(ولم يدر ابن الأثير بما اصابهم بعد خروجهم ولا حكى ذلك). فلما أصبح أهل البلد وليس عندهم من العسكر أحد ضعفت نفوسهم فأرسلوا القاضي بدر الدين قاضيخان ليطلب الأمان للناس فأعطوهم الأمان.
وكان قد بقي من العسكر طائفة لم يمكنهم الهرب مع أصحابهم فاعتصموا بالقلعة. فلما أجابهم جنگيزخان إلى الأمان فتحت أبواب المدينة في اليوم المذكور فدخل التتر بخارى ولم يتعرضوا إلى أحد بل