فاستجوبه واستطلع رأيه فقال إن السلطان كان فيه قيء وإسهال وكان من رأي الأطباء وهو منهم ان يعطى له دواء قابض أما الخواجة رشيد الدين فكان من رأيه أن هذا نتيجة امتلاء المعدة ، والمسهل يفيدها أكثر وعلى هذا وبسبب الانطلاق توفي السلطان.
وعلى هذا حكم بقتل الخواجة رشيد الدين وأرسل رأسه إلى تبريز وصاروا يطوفون به ويلعنونه ويقولون إن هذا رأس يهودي بدل كلام الله لعنه الله ...
والحاصل قد اختلفت عليه هذه القضية وكان أصل مبدئها تاج الدين علي شاه ... وكذا يقال عن دعوى أنه من أصل يهودي فهذا إنما كان من الخواجة سعد الدين ثم تاج الدين بسبب تشنيعاتهم عليه ... وعن هؤلاء نقلها القاشاني في تاريخ الجايتو ومثله في الدرر الكامنة.
وعلى كل حال كان من أشهر الوزراء والأطباء والعلماء وخلد ذكرى عظيمة في تاريخه الذي لا تزال بقاياه موجودة وقد وصفناه أثناء الكلام على المراجع التاريخية ... ومؤلفاته في الطب والعلوم الأخرى كثيرة أودع اسماءها في مقدمة كتابه جامع التواريخ ... وله الخانقاه المعروف بالربع الرشيدي.
ودون أن نمضي وجب أن نقول أنه قد ذكر وفاته جماعة من المؤرخين قال في الشذرات :
«وفيها ـ سنة ٧١٧ ه ـ توفي الرشيد فضل الله بن أبي الخير الهمداني الطبيب كان ابوه يهوديا عطارا فاشتغل هذا في المنطق والفلسفة وأسلم واتصل بغازان وعظم في دولة خربندا بحيث إنه صار في رتبة الملوك قام عليه الوزير علي شاه بأنه هو الذي قتل القاآن خربندا لكونه اعطاه على هيضته مسهلا فتقيأ فخارت قواه فاعترف وبرطل چوبان بألف ألف دينار فما نفع بل قتل هو وابنه. وكان يوصف بلين ولطف وسخاء