الشيخ رحمه‌الله : استقرّ نظري في هذه المسألة على الحلّية واختار سيّدنا بحر العلوم الحرمة ، فاحبّ أن تكتب ما ذكر فيها من الشهرة والإجماع وما ورد فيها من الأقوال وتورد فيها جميع ما ورد في تلك المسألة في الوسائل والوافي من الأخبار. قال الأمين العاملي رحمه‌الله : وجدت عليها تقريظ شيخه الشيخ حسين نجف وتقاريظ اخرى.

ومنها : «رسالة في المواسعة والمضايقة» كتبها بالتماس شيخه السيد صاحب الرياض.

ومنها : «حواشٍ على الروضة» كتبها على المضاربة والوديعة والعارية والمزارعة والمساقاة وبعض الوصايا وتمام النكاح وبعض الطلاق.

ومنها : «شرح على الوافية» للفاضل التوني. قال الأمين العاملي رحمه‌الله : مجلّدان أكبر من القوانين تامّ على الظاهر إلّا قليلا ، بسط فيه الكلام وتعرّض لأغلب كلمات الأساطين من الاصوليين والأخباريين المتقدّمين منهم والمتأخّرين ، وذكر فيه جميع ما وقع من المباحثة والمناظرة بين الشيخ الأكبر الشيخ جعفر والمحقّق السيد محسن البغدادي في جريان أصل البراءة في أجزاء العبادات.

ومنها : «رسالة في مسألة الشكّ في الشرطيّة والجزئيّة في العبادات» وذكر فيها مباحثه التي وقع بينه وبين شيخه صاحب الرياض في ذلك.

ومنها : «رسالة في مناظرة استاذه الشيخ جعفر والمحقّق السيد محسن الكاظمى» جمع فيها مناظرتهما بتمامها وما تكاتبا به وفيها بعض ما كتبه الشيخ جعفر بيده.

ومنها : «حاشية صغيرة على أوّل تهذيب الاصول» للعلامة الحلّي.

ومنها : «أوراق في مقدّمة الواجب» علّقها على المعالم.

ومنها : «رسالة في التجويد».

ومنها : «رسالة في الردّ على الأخباريين» نافعة جدّا وقد قرظها المحقق البغدادي بعبارات بعضها : لا زلت موفقاً لهداية الخلق وإرشاد الناس إلى الحق والكشف عن الخفايا والدلالة على الخبايا.